Το 1ο ΠΕ.Κ.Ε.Σ. Νοτίου Αιγαίου υπάγεται στην Περιφερειακή Διεύθυνση Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης (Π.Δ.Ε.) Νοτίου Αιγαίου, της οποίας προΐσταται ο Αναπληρωτής Περιφερειακός Διευθυντής Εκπαίδευσης, κύριος Ιωάννης Παπαδομαρκάκης
Η οργανωτική του διάρθρωση περιλαμβάνει:
Την Ολομέλεια που αποτελείται από
- τον Οργανωτικό Συντονιστή και
- τους/τις Συμβούλους Εκπαίδευσης Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης,
το Διοικητικό Προσωπικό τεχνικής υποστήριξης.