Το 1ο ΠΕ.Κ.Ε.Σ. υπάγεται στην Περιφερειακή Διεύθυνση Εκπαίδευσης (Π.Δ.Ε.) Νοτίου Αιγαίου, της οποίας προΐσταται η Περιφερειακή Διευθύντρια κυρία Μαρκέλλα Παραμυθιώτου.
Η οργανωτική του διάρθρωση περιλαμβάνει:
Την Ολομέλεια που αποτελείται από
- τον Οργανωτικό Συντονιστή και
- τους Συντονιστές Εκπαιδευτικού Έργου (Σ.Ε.Ε.) Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης,
το Διοικητικό Προσωπικό τεχνικής υποστήριξης.