Στόχος του προγράμματος είναι η ευαισθητοποίηση, η εκπαίδευση και η αλλαγή στάσης των μαθητών/τριών σε θέματα που αφορούν το Περιβάλλον, μέσα από συμμετοχικές διαδικασίες στη λήψη αποφάσεων, στο σχεδιασμό και στην εφαρμογή των δράσεων, ώστε τα σχολεία να γίνουν κοινότητες αειφορικής συμβίωσης σε παιδαγωγικό αλλά και πρακτικό επίπεδο. Αυτό επιτυγχάνεται με την διαμόρφωση και την εφαρμογή του “Οικοκώδικα” (ένα σύνολο κανόνων περιβαλλοντικής συμπεριφοράς), καθώς και την εφαρμογή ενός Περιβαλλοντικού Σχεδίου Δράσης (αφορά τον περιβάλλοντα σχολικό χώρο και την μετατροπή του σε καθαρό, όμορφο, ανθρώπινο και φιλικό).

Το Πρόγραμμα “Οικολογικά Σχολεία” απευθύνεται σε ολόκληρη την σχολική κοινότητα (μαθητές, εκπαιδευτικούς, γονείς, εργαζόμενους στις σχολικές μονάδες) και έχει σχεδιαστεί ώστε να ενθαρρύνει όλο το σχολείο να κινητοποιηθεί και να αναλάβει δράση για το περιβάλλον. Ενθαρρύνει, επίσης, την συνεργασία μεταξύ μαθητών, εκπαιδευτικών, γονέων και της τοπικής κοινωνίας για την επίτευξη αποτελεσματικότερης περιβαλλοντικής δράσης.