Μια από τις προτεραιότητες του eTwinning είναι να παρέχει στα σχολεία της Ευρώπης ένα ασφαλή περιβάλλον για δικτύωση και συνεργασία. Καθώς η περισσότερη δουλειά γίνεται online, εγγυάται στους εκπαιδευτικούς και στους μαθητές μια προστατευμένη περιοχή όπου η δουλειά τους παραμένει απόρρητη και στην οποία δεν έχουν πρόσβαση εξωτερικοί χρήστες.

Η πλατφόρμα eTwinning έχει κάποιες περιοχές που η διαδικτυακή ασφάλεια παίζει σημαντικό ρόλο:

• Tο eTwinning Desktop: όπου οι εκπαιδευτικοί συνδέονται, δικτυώνονται, μοιράζονται πηγές και σχεδιάζουν μελλοντικά προγράμματα.
• Tο eTwinning TwinSpace: όπου εκπαιδευτικοί και μαθητές δουλεύουν μαζί σε ένα συνεργατικό πρόγραμμα.

Και οι δύο αυτές περιορισμένες περιοχές και τα εργαλεία τους είναι προστατευμένες με όνομα χρήστη και συνθηματικό. Η ομάδα του eTwinning εξασφαλίζει ότι αυτό το επίπεδο ασφαλείας διατηρείται στο μέγιστο βαθμό ακόμη και όταν οι εκπαιδευτικοί και οι μαθητές δουλεύουν εκτός των ωρών του σχολείου, για παράδειγμα από το σπίτι τους, η ασφάλεια αυτή παραμένει.

Η ομάδα του eTwinning συνεργάστηκε επίσης στενά με το  INSAFE (www.saferinternet.org), το Ευρωπαϊκό Δίκτυο Κέντρων Ευαισθητοποίησης που προωθεί την ασφαλή, υπεύθυνη χρήση του Διαδικτύου και των κινητών συσκευών από νέους