Ο Παρθενώνας το 500μΧ μετατρέπεται σε ναό της Παναγίας Αθηνιώτισσας, τα Προπύλαια σε ναό των Ταξιαρχών και το Ερεχθείο σε ναό της Θεοτόκου.

Γύρω στον 5ο μΧ αιώνα έγινε η καταστροφή των βόρειων και δυτικών μετόπών του Παρθενώνα από τους χριστιανούς.

Τον 6ο μΧ αιώνα κατ’εντολή του αυτοκράτορα Ιουστινιανού, ξήλώθηκαν τα καλύτερα μάρμαρα και κίονες για να κοσμήσουν την αγ.Σοφία στην Κωνσταντινούπολη.

Κατά τον 12ο μΧ αιώνα, αφαιρέθηκαν έξι λίθοι της ζωφόρου του Παρθενώνα προκειμένου να δημιουργηθούν ισάριθμα παράθυρα, τρία σε κάθε μακρά πλευρά του κτηρίου, το οποίο εξακολουθούσε να λειτουργεί ως εκκλησία.Την ίδια περίοδο,που έγινε και κατοικία των αρχιεπισκόπων η Ακρόπολη, ξηλώνόντουσαν τα μάρμαρα για να χτιστούν οι εκκλησίες που βρίσκονται γύρω απο την Ακροπολη.

Οι αναφορές που υπάρχουν για τις αρχιτεκτονικές ανακατασκευές στην μετατροπή του Παρθενώνα σε εκκλησία, που υψώθηκαν τοίχοι ανάμεσα στους κίονες(αναρωτιέμαι αν κουβαλήσαν νέα υλικά για να χτίσουν ή βρήκανε τριγύρω τίποτε σπασμένα από μόνα τους… τυχαία) αναφέρουν ότι ανοίχτηκαν τρεις είσοδοι από τα δυτικά (και δεν ανοίγονται είσοδοι χωρίς να γκρεμιστεί κάτι).

Την εποχή της Φραγκοκρατίας ο χώρος γίνεται τόπος κατοικίας των Φράγκων ηγεμόνων, τα Προπύλαια διαμορφώνονται σε ανάκτορα, ενώ σε κάποιο μέρος τους,χτίστηκε ένας ψηλός τετράγωνος πύργος. Γενικά όμως η όψη της Ακρόπολης δεν υφίσταται αλλαγές.

Όταν οι Τούρκοι κατέλαβαν την Αθήνα το 1456, ο Παρθενώνας έγινε τζαμί. Οι Τούρκοι έχτισαν πολλά σπιτάκια πάνω στην Ακρόπολη και χρησιμοποίησαν διάφορα κτίρια της για αποθήκες πυρομαχικών. Το 1655, ένας κεραυνός τίναξε στον αέρα τα Προπύλαια. Η μεγαλύτερη καταστροφή όμως έγινε το 1687, όταν ο βενετσιάνος Μοροζίνι, πολιορκούσε την Ακρόπολη. Μια οβίδα έπεσε στον Παρθενώνα ανατινάζοντας την εντός αυτού αποθήκη πυρομαχικών, γκρεμίζοντας ένα μεγάλο μέρος του ναού(μέχρι τότε ο Παρθενώνας ήταν σχεδόν ανέπαφος).Όταν τελικά κατόρθωσε να καταλάβει το βράχο λεηλάτησε τους θησαυρούς, όπως είχαν κάνει πριν απ’ αυτόν τόσοι άλλοι κατακτητές. Και το Ερεχθείο καταστρέφεται σιγά-σιγά, γιατί οι Τούρκοι χρησιμοποιούσαν τα μάρμαρα για να φτιάχνουν ασβέστη, που ήταν πρώτη ύλη στο χτίσιμο. Το 1687 οι Τούρκοι διέλυσαν το ναό της Απτέρου Νίκης και με τα αρχιτεκτονικά του μέλη ενίσχυσαν τις οχυρώσεις τους.

Εκτεταμένες καταστροφές προκάλεσε ο Άγγλος λόρδος Έλγιν λίγο πριν από την Επανάσταση του 1821.Πρέσβης της Αγγλίας στην Κωνσταντινούπολη,εφοδιάσθει με Τουρκικό φιρμάνι απο τον Σουλτάνο,ήρθε στην Αθήνα και έβαλε να ξηλώσουν τη ζωφόρο του Παρθενώνα, μετόπες, αετώματα, μία Καρυάτιδα και έναν κίονα του Ερεχθείου, τα οποία μετέφερε στην Αγγλία και όπου και βρίσκονται μέχρι σήμερα,στο Βρετανικό μουσείο του Λονδίνου. Για όλα αυτά πλήρωσε 35.000 λίρες στους Τούρκους και στους Αθηναίους δώρισε ένα ρολόι, που στήθηκε στην αρχαία αγορά.Συνολικά αφήρεσε 253 τεμάχια,μεταξύ αυτών και το άγαλμα του Διονύσου που ευρίσκετο στο κάτω από την Ακρόπολη θέατρο του.

Κατά την Επανάσταση του 1821 η Ακρόπολη πολιορκήθηκε διαδοχικά από Έλληνες και Τούρκους και υπέστει νέες καταστροφές.

Στις 31 Μαρτίου 1833 εκυμάτισε για πρώτη φορά στις επάλξεις της η Ελληνική σημαία.

Ο πρώτος βασιλιάς Του Ελληνικού κράτους”Όθων”,θέλησε να κατασκευάσει το παλάτι του επι του Ιερού Βράχου.Αυτό όμως απεφεύχθει με προτροπή του πατέρα του, βασιλιά της Βαυαρίας.