Το Τμήμα Φυσικοθεραπείας, είναι στελεχωμένο με έμπειρους και εξειδικευμένους, στην Ειδική Αγωγή, φυσικοθεραπευτές. Λειτουργεί  παρέχοντας εξατομικευμένη θεραπευτική αγωγή, εξυπηρετώντας με συμβουλευτική παρακολούθηση και παρέμβαση, όλα τα παιδιά που φοιτούν στην σχολική μονάδα.

Τα παιδιά αξιολογούνται, έτσι ώστε να  τίθενται οι στόχοι στην αρχή της σχολικής χρονιάς και να υπάρχει  μία συνέχεια στις θεραπευτικές παρεμβάσεις του κάθε παιδιού.

Παράλληλα, με εργονομικές και χωροταξικές  παρεμβάσεις (επιλογή σωστότερης καθιστής θέσης, ατομικά τραπεζίδια, ζώνες και ιμάντες για καλύτερη ασφάλεια, επιλογή καταλληλότερου αμαξιδίου ή βοηθήματος κτλ),  δίνονται λύσεις σε προβλήματα που ανακύπτουν, στη διάρκεια της σχολικής χρονιάς.

Επιδιώκεται η συνεργασία με τους  ιατρούς των παιδιών, για  συντονισμένη αντιμετώπιση της θεραπευτικής αγωγής τους, όταν συντρέχουν λόγοι και ιδιαίτερα σε περιπτώσεις προγραμματισμένου χειρουργείου.

Παρέχεται πρακτική και συμβουλευτική βοήθεια στους γονείς για θέματα καθημερινών χειρισμών, ενώ με την πείρα και τις γνώσεις τους οι φυσικοθεραπευτές συνεισφέρουν, όπου μπορούν, στην προσπάθεια να αποκτήσουν οι χώροι του σχολείου και τα σχολικά λεωφορεία πιο άρτιο και σύγχρονο εξοπλισμό για την άνεση, την πρόσβαση και την ασφάλεια των φοιτούντων.

Υπάρχει ενεργή στήριξη στις αθλητικές δραστηριότητες του σχολείου και ιδιαίτερα στο άθλημα του BOCCIA, όπου  υπάρχει πολυετής γνώση και εμπειρία σε προπονητικό και διαιτητικό επίπεδο.

Οι φυσικοθεραπευτές είναι  υπεύθυνοι των  εξωτερικών προγραμμάτων, που λειτουργεί η σχολική μονάδα, της θεραπευτική ιππασία,

της θεραπευτική κολύμβηση και

το πρόγραμμα συνεργασίας με το νοσοκομείο Παίδων (Αγλαία Κυριακού).