Το ΕΠ.Ε.Σ. του Π.Π.Σ. έχει την παιδαγωγική και την επιστημονική ευθύνη του σχολείου. Προγραμματίζει τις ερευνητικές και επιμορφωτικές δραστηριότητες του σχολείου, καθώς και τις δράσεις που αφορούν την προσφορά του στην τοπική κοινωνία. Ειδικότερα:

• αποφασίζει για τη δημιουργία ομίλων μαθητών ή τμημάτων ενισχυτικής διδασκαλίας και για την εγγραφή μαθητών στους ομίλους και τα τμήματα αυτά,
• αποφασίζει την τροποποίηση του αναλυτικού και του ωρολογίου προγράμματος του Π.Π.Σ, προκειμένου να υλοποιηθούν καινοτομίες, να λειτουργήσουν ο ι όμιλοι, τα τμήματα ενισχυτικής διδασκαλίας, τα πιλοτικά ερευνητικό προγράμματα, η συνεργασία με σχολεία της ημεδαπής ή της αλλοδαπής και ό τι άλλο κριθεί σκόπιμο κατά τον προγραμματισμό των δραστηριοτήτων του σχολείου,
• συνεργάζεται με τον φορέα με τον οποίο τυχόν συνδέεται τ ο σχολείο, σχεδιάζει, προγραμματίζει και συντονίζει τις επιμορφωτικές και τις ερευνητικές δραστηριότητες, οι οποίες εγκρίνονται από τη Δ.Ε.Π.Π.Σ,
• συνεργάζεται με το σύλλογο διδασκόντων του σχολείου στην οργάνωση και το σχεδιασμό του εκπαιδευτικού έργου του σχολείου,
• καταρτίζει αξιολογικούς πίνακες κατάταξης των υποψήφιων διευθυντών και λοιπών εκπαιδευτικών των Π.Π.Σ. κατά τα οριζόμενα στα άρθρα 42 και 48, αντίστοιχα,
• συντονίζει την εσωτερική αξιολόγηση των Π.Π.Σ. και υποβάλλει τη σχετική έκθεση στη Δ.Ε.Π.Π.Σ. και
• διαχειρίζεται τους οικονομικούς πόρους του Π.Π.Σ, πέραν αυτών που διαχειρίζεται η αρμόδια σχολική επιτροπή.

Για τη λειτουργία του ΕΠ.Ε.Σ. εφαρμόζονται οι διατάξεις του Κώδικα Διοικητικής Διαδικασίας.