Ο Άγιος Ιωάννης γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη κατά τα μέσα του 12ου αιώνα, από γονείς πλούσιους και ευσεβείς, τον Κωνσταντίνο Καλοκτένη και τη Μαρία, που τον ανέθρεψαν χριστιανικά.
Από μικρός έδειξε κλήση στα θεία και υπήρξε άριστος μαθητής. Όταν μεγάλωσε έγινε μοναχός και μόναζε σε κάποια Μονή της Κωνσταντινούπολης. Από εκεί τον εξέλεξαν, για τις μεγάλες του ικανότητες και αρετές, Μητροπολίτη Θηβών και Έξαρχο πάσης Βοιωτίας.
Όταν ο Καλοκτένης χειροτονήθηκε Μητροπολίτης, η Θήβα είχε περιπέσει σε οικονομική παρακμή εξαιτίας των καταστροφών που προκάλεσε η νορμανδική εισβολή του 1147 ενώ και οι πέντε υπαγόμενες επισκοπικές έδρες είχαν μείνει κενές. Η ακμαία βιοτεχνία του μεταξιού είχε περάσει στα χέρια των Εβραίων και το θρησκευτικό συναίσθημα είχε υποχωρήσει.
Η παρουσία του Ιωάννη του Καλοκτένη στον μητροπολιτικό θρόνο της Θήβας, έδωσε νέα πνοή στην εκκλησιαστική ζωή του βοιωτικού χώρου και την ανάπτυξη της περιοχής.
Ο Καλοκτένης ίδρυσε μοναστήρια και μετέτρεψε την ανδρική μονή της Θεοτόκου σε γυναικεία (μονή της Δεκανής, από το όνομα της πρώτης ηγουμένης). Ίδρυσε ναούς στη Θήβα, μεταξύ των οποίων το ναό της Υπερενδόξου Θεοτόκου. Με δική του πρωτοβουλία ιδρύθηκε νοσοκομείο, γηροκομείο, πτωχοκομείο και ξενώνας. Επίσης, εξέτρεψε τη ροή των υδάτων του Ισμηνού ποταμού προς την πεδιάδα, διευκολύνοντας έτσι την τροφοδοσία των είκοσι υδρομύλων της περιοχής που χρησίμευαν για την άρδευση των καλλιεργειών. Για τις ανάγκες της εκτροπής κατασκευάσθηκαν είκοσι καμάρες με ύψος από 3 έως 6 μέτρα και πλάτος 3,20 μέτρα, οι οποίες διατηρήθηκαν έως τις αρχές του 20ου αιώνα. Έκτοτε, ο Ισμηνός ποταμός έμεινε γνωστός και ως Αγιάννης, παραπέμποντας στον Άγιο Ιωάννη τον Καλοκτένη. Φρόντισε επίσης και για την αξιοποίηση άλλων υδάτινων πόρων που παρέμεναν ανεκμετάλλευτοι για την ύδρευση της πόλης και κατασκεύασε τρίτοξη γέφυρα στον ποταμό Ασωπό. Στο πλαίσιο του έργου του για την αναβάθμιση της κοινωνικής θέσης της γυναίκας, γνωρίζουμε ότι ο Καλοκτένης δημιούργησε σχολείο (παρθενώνα) για τη μόρφωση των κοριτσιών, κάτι μη συνηθισμένο στην εποχή του.
Ο Καλοκτένης δεν έζησε με πολυτέλεια αλλά ήταν λιτός και ταπεινός, κερδίζοντας την αγάπη του ποιμνίου του. Ακολούθησε ασκητική ζωή και διέθεσε την προσωπική του περιουσία στους φτωχούς. Έγινε το στήριγμα των φτωχών και των αδικημένων, θέτοντας πάνω από όλα την αγάπη για τον συνάνθρωπο και τον αγώνα κατά του κακού. Η προσφορά του ήταν πολύπλευρη και χάρη στις αγαθοεργίες και το σπουδαίο φιλανθρωπικό του έργο απέκτησε το προσωνύμιο ο «Νέος Ελεήμων»
Η Εκκλησία τον ανακήρυξε Άγιο και η αγαπημένη του Θήβα τον τιμά μεγαλοπρεπώς ως Πολιούχο της, στον ομώνυμο Ναό Του στο κέντρο της πόλεως στις 29 Απριλίου.
