ΜΟΝΑΔΕΣ ΚΑΙ ΜΙΚΡΟΣΚΟΠΙΟ
1) Ένας βιολόγος ασχολείται με τα πράγματα σε μικροσκοπικό επίπεδο. Για να περιγράψει τις κυτταρικές διαστάσεις και την ποσότητα των υλικών που υπάρχουν σε κυτταρικό επίπεδο, χρειάζονται μονάδες κατάλληλες μικρού μεγέθους. Ποιες είναι αυτές οι μονάδες μέτρησης;
Στη βιολογία, οι μονάδες μήκους που χρησιμοποιούνται συνήθως περιλαμβάνουν το μικρόμετρο (μm) και το Angstrom (A°). Ένα μικρόν ισοδυναμεί με 10-6m (ή 10-3 χιλιοστά mm). Ένα Angstrom ισοδυναμεί με 10-10m (ή 10-7 mm ή 10-4 μm) .
Οι μάζες εκφράζονται σε χιλιόγραμμα Kg (1 Kg = 103 γραμμάρια), μικρογραμμάρια μg (1 μg = 10-6 g) και νανογραμμάρια ng (1 ng = 10-9 γραμμάρια). Η μονάδα μοριακής μάζας που χρησιμοποιείται είναι το ντάλτον Da . Ένα ντάλτον ορίζεται ως περίπου το βάρος ενός ατόμου υδρογόνου. Για παράδειγμα, ένα μόριο νερού (H2O) ζυγίζει περίπου 18 ντάλτον. Ένα ντάλτον έχει μάζα 1,674 x 10-27 Kg.
2) Γιατί τα στοιχεία άνθρακας, υδρογόνο, οξυγόνο και άζωτο (C, H, O, N) έχουν τεράστια σημασία στη ζωντανή ύλη;
Ο άνθρακας, το υδρογόνο, το οξυγόνο και το άζωτο είναι τα τέσσερα πιο άφθονα στοιχεία στους ζωντανούς οργανισμούς. Στην πραγματικότητα, αποτελούν περίπου το 99% της μάζας των περισσότερων κυττάρων. Αυτά τα τέσσερα στοιχεία πρέπει να διαθέτουν κάποια μοναδική μοριακή ικανότητα που τα οδήγησε στην επιλογή τους ως τα κύρια συστατικά της ζωής. Αυτό μπορεί να φανεί συγκρίνοντας τη σχετική αφθονία των κύριων χημικών στοιχείων στον φλοιό της γης με εκείνα στο ανθρώπινο σώμα.
| ΣΤΟΙΧΕΙΟ |
% ΣΤΟ ΦΛΟΙΟ ΓΗΣ |
ΣΤΟΙΧΕΙΟ |
% ΑΝΘΡΩΠ. ΣΩΜΑ |
| O |
47,0 |
H |
63,0 |
| Si |
28,0 |
O |
25,5 |
| Al |
7,9 |
C |
9,5 |
| Fe |
4,5 |
N |
1,4 |
| Ca |
3,5 |
Ca |
0,31 |
| Na |
2,5 |
P |
0,22 |
| K |
2,5 |
Cl |
0,08 |
| Mg |
2,2 |
K |
0,06 |
| Ti |
0,46 |
S |
0,05 |
Η εξέταση του πίνακα δείχνει ότι η μόνη κοινή αντιστοιχία σε ποσότητα είναι για το οξυγόνο. Έτσι, μπορούμε να υποθέσουμε ότι υπάρχει κάποιος λόγος για τον οποίο αυτά τα 4 στοιχεία έχουν επιλεγεί για τον ρόλο τους στη ζωή.
Μία ιδιότητα που κάνει αυτά τα στοιχεία ξεχωριστά είναι ότι μπορούν εύκολα να σχηματίσουν ομοιοπολικούς δεσμούς, με αμοιβαία συνεισφορά ηλεκτρονίων. Για να ολοκληρώσουν την εξωτερική τους στιβάδα, το υδρογόνο χρειάζεται ένα ηλεκτρόνιο, το οξυγόνο χρειάζεται δύο, το άζωτο χρειάζεται τρία και ο άνθρακας χρειάζεται τέσσερα. Έτσι, αυτά τα τέσσερα στοιχεία ενώνονται με όμοια (μεταξύ τους) και με ανόμοια (με διαφορετικά) στοιχεία για να σχηματίσουν έναν μεγάλο αριθμό ομοιοπολικών ενώσεων. Επιπλέον, ο άνθρακας, το οξυγόνο και το άζωτο μπορούν επίσης να σχηματίσουν διπλούς δεσμούς διαμοιράζοντας δύο ζεύγη ηλεκτρονίων. Ακόμα περισσότερο, ο άνθρακας μπορεί να σχηματίσει τριπλούς δεσμούς. Αυτό δίνει σε αυτά τα στοιχεία μεγάλη ευελιξία στο σχηματισμό χημικών δεσμών.
Μια άλλη ιδιότητα που καθιστά τον άνθρακα, το οξυγόνο, το υδρογόνο και το άζωτο μοναδικά κατάλληλα για τον ρόλο τους στη ζωντανή ύλη είναι ότι είναι τα ελαφρύτερα στοιχεία που μπορούν να σχηματίσουν ομοιοπολικούς δεσμούς. Η ισχύς ενός ομοιοπολικού δεσμού είναι αντιστρόφως ανάλογη με τα ατομικά βάρη των συνδεδεμένων ατόμων. Έτσι, αυτά τα τέσσερα στοιχεία είναι ικανά να σχηματίσουν πολύ ισχυρούς ομοιοπολικούς δεσμούς.
3) Με φωτογραφικά και οπτικά μέσα, μια εικόνα μπορεί να μεγεθυνθεί σχεδόν επ’ αόριστον. Ωστόσο, τα περισσότερα οπτικά μικροσκόπια προσφέρουν μεγεθύνσεις μόνο 1000 έως 1500 φορές το πραγματικό μέγεθος, ενώ τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια προσφέρουν μεγεθύνσεις 100.000 φορές ή και περισσότερο. Εξηγήστε:
Όλα τα μικροσκόπια χαρακτηρίζονται από όρια ανάλυσης. Η ανάλυση αναφέρεται στην καθαρότητα της εικόνας. Αντικείμενα που βρίσκονται κοντά το ένα στο άλλο δεν μπορούν να διακριθούν (να αναλυθούν) ως ξεχωριστά αντικείμενα εάν η απόσταση μεταξύ τους είναι μικρότερη από το μισό του μήκους κύματος του φωτός που χρησιμοποιείται. Το μέσο μήκος κύματος του ορατού φωτός είναι 550 νανόμετρα (nm) (ή 5500 A0). Έτσι, για τα οπτικά μικροσκόπια, τα αντικείμενα μπορούν να διακριθούν μόνο εάν βρίσκονται σε απόσταση μεγαλύτερη από περίπου 275 νανόμετρα (nm).
Τα αντικείμενα που βρίσκονται σε απόσταση μικρότερη από 275 nm δεν είναι ευδιάκριτα και φαίνονται σαν ένα αντικείμενο. Η αύξηση του μεγέθους της εικόνας ή της μεγέθυνσης δεν θα δώσει ουσιαστικές πληροφορίες, εκτός εάν αυξηθεί και η ανάλυση. Η αύξηση της μεγέθυνσης χωρίς αύξηση της ανάλυσης έχει ως αποτέλεσμα μια μεγαλύτερη εικόνα που εξακολουθεί να είναι θολή.
Τα ηλεκτρονικά μικροσκόπια προσφέρουν ανάλυση λεπτομερειών που διαχωρίζονται από 0,1 έως 0,5 νανόμετρα. Τα ηλεκτρόνια, και όχι το φως, είναι η ακτινοβολία που χρησιμοποιείται στα ηλεκτρονικά μικροσκόπια. Υπενθυμίζεται ότι τα ηλεκτρόνια έχουν και κυματική ιδιότητα εκτός από σωματιδιακή ιδιότητα και μπορούν να θεωρηθούν ως ακτινοβολία εξαιρετικά μικρού μήκους κύματος. Δεδομένου ότι το μήκος κύματος ενός ηλεκτρονίου σε κίνηση είναι πολύ μικρότερο από το μήκος κύματος του φωτός, η ανάλυση είναι περισσότερο από χίλιες φορές καλύτερη. Δομές όπως η πλασματική μεμβράνη, το ενδοπλασματικό δίκτυο, τα ριβοσώματα, οι μικροσωληνίσκοι και τα μικροϊνίδια δεν ήταν ορατές μέχρι την έλευση του ηλεκτρονικού μικροσκοπίου. Αυτές οι δομές έχουν πλάτος μικρότερο από 275 nm. Η πλασματική μεμβράνη έχει πάχος 7,5 έως 10 nm (ή 75 έως 100 A0). Το ριβόσωμα έχει διάμετρο 15 έως 25 nm (ή 150 έως 250 A0). Οι μικροσωληνίσκοι έχουν διάμετρο 20 έως 30 nm και τα μικροϊνίδια κυμαίνονται από 5 έως 10 nm. Η ηλεκτρονική μικροσκοπία έχει επίσης καταστήσει δυνατή την απεικόνιση της πυρηνικής μεμβράνης και των εσωτερικών μεμβρανών των μιτοχονδρίων και των χλωροπλαστών.
4) Διακρίνετε τους όρους “in situ”, “in vitro” και “in vivo”.
Αυτοί οι όροι χρησιμοποιούνται όλοι για να αναφερθούν στο πού λαμβάνει χώρα μια βιοχημική αντίδραση ή διεργασία. Το “In situ” στα λατινικά σημαίνει “στη θέση” και αναφέρεται σε μια αντίδραση που συμβαίνει στη φυσική ή αρχική της θέση. Το “In vitro” στα λατινικά σημαίνει “σε γυαλί” και αναφέρεται σε μια αντίδραση που δεν συμβαίνει στον ζωντανό οργανισμό, αλλά αντίθετα συμβαίνει σε ένα εργαστήριο όπως ένας δοκιμαστικός σωλήνας. Το “In vivo” στα λατινικά σημαίνει “στον ζωντανό” και αναφέρεται σε μια αντίδραση που συμβαίνει στον ζωντανό οργανισμό.
ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ ΤΩΝ ΧΗΜΙΚΩΝ ΑΝΤΙΔΡΑΣΕΩΝ
5) Να δώσετε τους ακόλουθους ορισμούς: άτομο, ισότοπο, ιόν. Μπορεί ένα και μοναδικό σωματίδιο ύλης να είναι και τα τρία ταυτόχρονα;
Ένα άτομο είναι το μικρότερο σωματίδιο ενός στοιχείου που μπορεί να διατηρήσει τις χημικές ιδιότητες αυτού του στοιχείου. Αποτελείται από έναν πυρήνα, ο οποίος περιέχει θετικά φορτισμένα πρωτόνια και ουδέτερα νετρόνια, γύρω από τα οποία περιστρέφονται αρνητικά φορτισμένα ηλεκτρόνια σε τροχιές. Για παράδειγμα, ένα άτομο ηλίου περιέχει 2 πρωτόνια, 2 νετρόνια και 2 ηλεκτρόνια.
Ένα ιόν είναι ένα θετικά ή αρνητικά φορτισμένο άτομο ή ομάδα ατόμων. Ένα ιόν που είναι αρνητικά φορτισμένο ονομάζεται ανιόν και ένα θετικά φορτισμένο ιόν ονομάζεται κατιόν.
Τα ισότοπα είναι εναλλακτικές μορφές του ίδιου χημικού στοιχείου. Ένα χημικό στοιχείο ορίζεται με βάση τον ατομικό του αριθμό, ο οποίος είναι ο αριθμός των πρωτονίων στον πυρήνα του. Τα ισότοπα ενός στοιχείου έχουν τον ίδιο αριθμό πρωτονίων με αυτό το στοιχείο, αλλά διαφορετικό αριθμό νετρονίων. Δεδομένου ότι η ατομική μάζα καθορίζεται από τον αριθμό των πρωτονίων συν τα νετρόνια, τα ισότοπα του ίδιου στοιχείου έχουν ποικίλες ατομικές μάζες. Για παράδειγμα, το δευτέριο (2H) είναι ένα ισότοπο του υδρογόνου και έχει ένα νετρόνιο και ένα πρωτόνιο στον πυρήνα του. Το υδρογόνο έχει μόνο ένα πρωτόνιο και κανένα νετρόνιο στον πυρήνα του.
Ένα μόνο σωματίδιο μπορεί να είναι ταυτόχρονα άτομο και ιόν και ισότοπο. Το απλούστερο παράδειγμα είναι το ιόν υδρογόνου H+. Είναι ένα άτομο που έχει χάσει ένα ηλεκτρόνιο και έτσι έχει αναπτύξει ένα θετικό φορτίο. Εφόσον είναι φορτισμένο, είναι επομένως ένα ιόν. Ένα κατιόν είναι ένα θετικά φορτισμένο ιόν (δηλαδή H+) και ένα ανιόν είναι ένα αρνητικά φορτισμένο ιόν (δηλαδή Cl–). Αν κάποιος συγκρίνει τον ατομικό του αριθμό (1) με αυτόν του δευτερίου (1), φαίνεται ότι αν και έχουν διαφορετικές ατομικές μάζες, εφόσον οι ατομικοί τους αριθμοί είναι οι ίδιοι, πρέπει να είναι ισότοπα το ένα του άλλου.
6) Περιγράψτε τις διαφορές μεταξύ ενός στοιχείου και μιας ένωσης.
Όλες οι ουσίες αποτελούνται από ύλη, καθώς έχουν μάζα και καταλαμβάνουν χώρο. Τα στοιχεία και οι ενώσεις αποτελούν δύο γενικές κατηγορίες ύλης. Τα στοιχεία είναι ουσίες που αποτελούνται από πανομοιότυπα άτομα (δηλαδή, άτομα με ίδιους ατομικούς αριθμούς). Αυτός ο ορισμός ενός στοιχείου περιλαμβάνει όλα τα ισότοπα αυτού του στοιχείου. Επομένως, τα 018 και 015 θεωρούνται και τα δύο στοιχειακό οξυγόνο. Μια ένωση είναι μια ουσία που αποτελείται από δύο ή περισσότερα διαφορετικά είδη ατόμων (δύο ή περισσότερα διαφορετικά στοιχεία) συνδυασμένα σε μια καθορισμένη αναλογία βαρών. Αυτή η σταθερή σύνθεση διαφόρων στοιχείων, σύμφωνα με τον νόμο των καθορισμένων αναλογιών, διαφοροποιεί μια ένωση από ένα μείγμα. Τα στοιχεία είναι οι υποκαταστάτες των ενώσεων. Για παράδειγμα, το νερό είναι μια ένωση που αποτελείται από τα δύο στοιχεία υδρογόνο και οξυγόνο σε αναλογία 2:1, αντίστοιχα. Αυτή η ένωση μπορεί να γραφτεί ως H20, που είναι ο μοριακός τύπος του νερού. Ο δείκτης “2” που εμφανίζεται μετά το υδρογόνο (H) υποδεικνύει ότι σε κάθε μόριο νερού υπάρχουν δύο άτομα υδρογόνου. Δεν υπάρχει δείκτης μετά το οξυγόνο (0) στον μοριακό τύπο του νερού, πράγμα που υποδηλώνει ότι υπάρχει μόνο ένα άτομο οξυγόνου ανά μόριο νερού. Επομένως, το νερό είναι μια ένωση της οποίας τα μόρια αποτελούνται από δύο άτομα υδρογόνου και ένα άτομο οξυγόνου.
7) Ποιοι είναι οι τρεις νόμοι της θερμοδυναμικής; Να περιγράψετε τη βιολογική τους σημασία.
Ο πρώτος νόμος της θερμοδυναμικής δηλώνει ότι η ενέργεια μπορεί να μετατραπεί από τη μία μορφή στην άλλη, αλλά δεν μπορεί να δημιουργηθεί ή να καταστραφεί. Με άλλα λόγια, η ενέργεια ενός κλειστού συστήματος είναι σταθερή. Έτσι, ο πρώτος νόμος είναι απλώς μια δήλωση του νόμου διατήρησης της ενέργειας.
Ο δεύτερος νόμος της θερμοδυναμικής δηλώνει ότι η συνολική εντροπία (ένα μέτρο της αταξίας ή της τυχαιότητας ενός συστήματος) του σύμπαντος αυξάνεται. Αυτό χαρακτηρίζεται από μείωση της ελεύθερης ενέργειας, η οποία είναι η ενέργεια που είναι διαθέσιμη για την εκτέλεση έργου. Έτσι, οποιαδήποτε αυθόρμητη αλλαγή που συμβαίνει (χημική, φυσική ή βιολογική) θα τείνει να αυξήσει την εντροπία του σύμπαντος.
Ο τρίτος νόμος της θερμοδυναμικής αναφέρεται σε ένα πλήρως διατεταγμένο σύστημα, και ιδιαίτερα, σε έναν τέλειο κρύσταλλο. Δηλώνει ότι ένας τέλειος κρύσταλλος στο απόλυτο μηδέν (0 Kelvin) θα είχε τέλεια τάξη και επομένως η εντροπία του θα ήταν μηδέν.
Αυτοί οι τρεις νόμοι επηρεάζουν τον βιολογικό καθώς και τον χημικό και φυσικό κόσμο. Τα ζωντανά κύτταρα εκτελούν την εργασία τους χρησιμοποιώντας την ενέργεια που είναι αποθηκευμένη σε χημικούς δεσμούς. Ο πρώτος νόμος της θερμοδυναμικής ορίζει ότι κάθε χημικός δεσμός σε ένα δεδομένο μόριο περιέχει μια ποσότητα ενέργειας ίση με την ποσότητα που ήταν απαραίτητη για τη σύνδεση των ατόμων μεταξύ τους. Έτσι, τα ζωντανά κύτταρα είναι ταυτόχρονα μετατροπείς που μετατρέπουν άλλες μορφές ενέργειας σε ενέργεια χημικού δεσμού και απελευθερωτές που απελευθερώνουν αυτήν την ενέργεια χρησιμοποιώντας την ενέργεια του χημικού δεσμού για να παράγουν έργο. Λαμβάνοντας υπόψη ότι ένας ζωντανός οργανισμός είναι μια αποθήκη πιθανής χημικής ενέργειας λόγω των πολλών εκατομμυρίων ατόμων που συνδέονται μεταξύ τους σε κάθε κύτταρο, μπορεί να φαίνεται ότι η ίδια ενέργεια θα μπορούσε να μεταδίδεται συνεχώς από οργανισμό σε οργανισμό χωρίς την απαιτούμενη εξωκυτταρική πηγή ενέργειας. Ωστόσο, μια βαθύτερη εξέταση δείχνει ότι αυτό δεν ισχύει. Ο δεύτερος νόμος της θερμοδυναμικής μας λέει ότι κάθε μετασχηματισμός ενέργειας έχει ως αποτέλεσμα τη μείωση της χρησιμοποιήσιμης ή ελεύθερης ενέργειας του συστήματος. Κατά συνέπεια, υπάρχει μια σταθερή αύξηση στην ποσότητα ενέργειας που δεν είναι διαθέσιμη για την παραγωγή έργου (αύξηση της εντροπίας). Επιπλέον, η ενέργεια μεταφέρεται συνεχώς από τους ζωντανούς οργανισμούς στην άβια ύλη (π.χ., όταν γράφετε, ξοδεύετε ενέργεια για να κινήσετε το μολύβι, όταν κάνει κρύο έξω το σώμα σας χάνει θερμότητα για να ζεστάνει τον αέρα, κ.λπ.). Το σύστημα των ζωντανών οργανισμών, επομένως, δεν μπορεί να είναι ένα στατικό ενεργειακό σύστημα και πρέπει να αναπληρώνεται από ενέργεια που προέρχεται από τον άβιο κόσμο.
Ο δεύτερος νόμος της θερμοδυναμικής είναι επίσης χρήσιμος στην εξήγηση της απώλειας ενέργειας από το σύστημα σε κάθε διαδοχικό τροφικό επίπεδο σε μια τροφική πυραμίδα. Στην ακόλουθη τροφική πυραμίδα, η ενέργεια στο επίπεδο του παραγωγού είναι μεγαλύτερη από την ενέργεια στο επίπεδο του καταναλωτή Ι, η οποία είναι μεγαλύτερη από την ενέργεια του επιπέδου του καταναλωτή II. Κάθε μετασχηματισμός ενέργειας μεταξύ των μελών των διαδοχικών επιπέδων συνεπάγεται την απώλεια χρησιμοποιήσιμης ενέργειας και αυτή η απώλεια χρησιμεύει στην αύξηση της εντροπίας. Έτσι, αυτή η αναπόφευκτη απώλεια προκαλεί τη συνολική ποσότητα ενέργειας σε κάθε τροφικό επίπεδο χαμηλότερη από ό,τι στο προηγούμενο επίπεδο.