Ο Κέπλερ αρχικά αναζητούσε με πάθος την κρυμμένη αρμονία της φύσης, μέσα στη γλώσσα της Γεωμετρίας και των αριθμών, γιατί ήταν πεπεισμένος πως το σύμπαν είχε δημιουργηθεί από το Θεό σύμφωνα με τις αρχές της Γεωμετρίας. Μετέβαλλε τις απόψεις του κατανοώντας πολύ σύντομα ότι ο κόσμος είναι κάτι πολύ περισσότερο από σύνολο γεωμετρικών κατασκευών. Πρέπει οι κατασκευές αυτές να βασίζονται σε κάποιες αρχές που να ερμηνεύουν τις κινήσεις των πλανητών με βάση τα αίτια που τις προκαλούν. Τόλμησε να αρνηθεί να επιβάλλει στη φύση αρμονίες που βασίζονται μόνο σε μεταφυσικές δοξασίες και δεν επαληθεύονται από τις παρατηρήσεις.
Δεν γνωρίζει την αρμονία αυτή εκ’ των προτέρων-την αναζητά-και είναι πρόθυμος να αλλάξει τα προσεγγιστικά σχήματά του και να θυσιάσει χρόνια εργασίας αλλά είναι σίγουρος ότι η αρμονία υπάρχει και έχει φυσική ερμηνεία.
Για το λόγο αυτό προσπάθησε να ερμηνεύσει τη δύναμη που συγκρατεί τους πλανήτες στην τροχιά τους Έλεγε:
«Βάλτε μια μεγαλύτερη γη κοντά στη δική μας και η δική μας θα αποκτήσει βάρος σε σχέση με τη μεγαλύτερη, και θα πέσει επάνω της όπως μια πέτρα πέφτει στο έδαφος».
Είναι ο πρώτος που υποστήριξε ότι η έλξη είναι αμοιβαία, και ότι αυτό που εμποδίζει τα ουράνια σώματα να συγκρουστούν, είναι η τροχιά τους.
Η αρχή της αδράνειας όπως διατυπώθηκε αργότερα από τον Νεύτωνα, δεν αποτελούσε τμήμα του εννοιολογικού συστήματος του Κέπλερ. Κατά τη δική του αντίληψη χρειαζόταν κάποια δύναμη να σπρώχνει τους πλανήτες για να συνεχίσουν να κινούνται στον ουρανό. Ο Ήλιος παρείχε αυτή τη δύναμη που εξασθενούσε όσο μεγάλωνε η ακτίνα δράσης της. Η δύναμη αυτή “effluvium magneticum”(μαγνητική απορροή) ξεχυνόταν ακτινικά από τον Ήλιο και περιστρεφόταν μαζί με εκείνον επενεργώντας εφαπτομενικά στους πλανήτες. Η ελλειπτική τροχιά των πλανητών οφειλόταν στις μαγνητικές ιδιότητες του Ήλιου και των πλανητών που είχαν ως αποτέλεσμα σε άλλες θέσεις ο Ήλιος να τους έλκει και σε άλλες να τους απωθεί.
Στην Astronomia Nova, εκτός από τα επιστημονικά συμπεράσματα στα οποία είχε καταλήξει μετά από εργασία πολλών ετών, περιέχει ταυτόχρονα μια συγκλονιστική δική του πνευματική αυτοβιογραφία. Περιγράφει όλες τις αρχικές αποτυχημένες προσπάθειές του, τα λάθη τις απογοητεύσεις και τον τελικό θρίαμβο. Μια σπάνια και ειλικρινής σχέση με τους αναγνώστες του που περιγράφεται η επίπονη πορεία του από τη μεταφυσική πίστη στην τελειότητα των σφαιρών, ως την ανακάλυψη των ελλειπτικών τροχιών.
Ο Κέπλερ άρχισε να μελετά την τροχιά του Άρη με βάση τον κύκλο, το τέλειο σχήμα. Οι λόγοι που διάλεξε την τροχιά του Άρη είναι πολλοί. Η φαινόμενη τροχιά του εν λόγω πλανήτη ήταν αυτή που παρουσίαζε τις μεγαλύτερες δυσκολίες να ερμηνευτεί με ένα σύστημα επικύκλων. Ο ίδιος προσωπικά είχε ασχοληθεί με τη συστηματική μελέτη και παρατήρηση της εν λόγω τροχιάς, ως βοηθός του Brahe και επομένως είχε καλή γνώση του θέματος. Το αρχείο του Brahe είχε πληθώρα παρατηρήσεων της τροχιάς του Άρη.
Από την αρχή της μελέτης όμως, η δική του θεώρηση του προβλήματος, διέφερε απ’ όλες τις προηγούμενες. Στις αναλύσεις των προηγούμενων αστρονόμων υπήρχε η αρχή του «σώζειν τα φαινόμενα»:δηλαδή για κάθε πλανήτη ένας βασικός «φέρων κύκλος» με διάφορούς συνδυασμούς εκκέντρων κύκλων και επικύκλων.
Ο Κέπλερ, αφ’ ενός μεν δεν πίστευε στην ύπαρξη ουρανίων σφαιρών, και αφ’ ετέρου ενδιαφερόταν να κατανοήσει την πραγματική τροχιά και όχι απλώς να περιγράψει τη φαινόμενη. Επιχείρησε λοιπόν , να προσδιορίσει μια απλή κυκλική τροχιά για τον Άρη χωρίς τη χρήση επικύκλων ή εκκέντρων κύκλων. Όταν τελειώνει τον πρώτο προσδιορισμό της τροχιάς μετά από κοπιαστική δουλειά δύο ετών διαπιστώνει σφάλμα 8΄ απόκλισης από τις καταγεγραμμένες παρατηρήσεις. Κάποιος άλλος θα είχε σταματήσει ικανοποιημένος, αφού και ο Κοπέρνικος είχε αρκεστεί σε σφάλμα 10΄. Με εμμονή στην ορθότητα των παρατηρήσεων του Brahe και την πεποίθηση ότι δεν είχε βρει την πραγματική λύση του προβλήματος, και δεν πρέπει να σώσει τα φαινόμενα όπως και οι προηγούμενοι, αρχίζει να διαισθάνεται, ότι πρέπει να εξετάσει συστηματικά, αυτό που κανείς δεν είχε τολμήσει ως τότε να διανοηθεί: Δηλαδή το ενδεχόμενο κίνησης του Άρη με μεταβλητή ταχύτητα σε μια μη κυκλική τροχιά. Είχε διαισθανθεί το νόμο των εμβαδών και τον χρησιμοποιούσε ως υπολογιστικό τέχνασμα για τον προσδιορισμό των θέσεων. Όλα τα παραπάνω είναι μια πειστική απόδειξη για πολλά πράγματα όπως
α) …η τέχνη του χειρισμού της ίδιας ομάδας δεδομένων τοποθετώντας τα όμως σε ένα καινούργιο σύστημα σχέσεων…δίνοντάς τους ένα διαφορετικό πλαίσιο και συνεπώς διαφορετικό μηχανισμό σκέψης.
β)…η αλλαγή επέρχεται όχι από νέες παρατηρήσεις αλλά από μεταθέσεις εννοιών στο πνεύμα των επιστημόνων.
Τελικά δηλαδή τρανή απόδειξη της μη γραμμικής πορείας της επιστήμης, και επιβεβαίωση της «χρυσής τομής» ανάμεσα στο «σύγχρονο» δίπολο εμπειρισμού και ρασιοναλισμού.
Στο πρώτο έργο του (Κοσμογραφικό Μυστήριο) προσπαθεί μέσα απ’ τη μελέτη της δομής του ηλιοκεντρικού συστήματος να ανακαλύψει το μυστικό της «κρυμμένης αρμονίας», που τελικά θα αποκαλύψει και τη θεϊκή σκέψη που το κατασκεύασε. Η επιλογή αυτή του Θεού κατά τον Κέπλερ, οφείλεται στο γεγονός ότι η αρμονία του κόσμου εδράζεται στα κανονικά πολύεδρα.
Ο Κέπλερ με νεοπλατωνική λογική θεώρησε ότι βρήκε το μυστικό της Θεϊκής κατασκευής. Επειδή υπάρχουν πέντε μόνο κανονικά πολύεδρα (4εδρο,6εδρο,8εδρο,12εδρο και 20εδρο) αν στη σφαίρα που ορίζεται από την επιβατική ακτίνα του Κρόνου εγγραφεί κανονικό 6εδρο (κύβος), η ακτίνα της εγγεγραμμένης στον κύβο σφαίρας θα είναι η ακτίνα του Δία και ούτω καθεξής. Τα πέντε πολύεδρα όριζαν τους χώρούς ανάμεσα στις 6 σφαίρες. Και αφού υπάρχουν μόνο 5 κανονικά πολύεδρα δεν μπορεί παρά να υπάρχουν μόνο έξι πλανήτες.
Στην πρώτη έκδοση του Κοσμογραφικού Μυστήριου απέδιδε την κίνηση των πλανητών σε μια δύναμη που εκπέμπεται από τον ήλιο, την οποία ονόμασε «anima motrix» «κινητήρια ψυχή». Η ονομασία δεν ήταν τυχαία διότι απέπνεε όλες τις ανιμιστικές ιδέες που ο Κέπλερ διατηρούσε ακόμα για το σύμπαν. Ο ίδιος γράφει:
«Έάν αντικαταστήσουμε τη λέξη «ψυχή» (anima) με τη λέξη δύναμη (vis) θα έχουμε ακριβώς την ίδια αρχή στην οποία βασίζεται η ουράνια φυσική στην Astronomia Nova. Διότι στο παρελθόν πίστευα απόλύτως ότι αιτία της κίνησης των πλανητών είναι κάποια ψυχή, έχοντας επηρεαστεί βαθύτατα από τις διδασκαλίες του J.C. Scaliger περί κινητήριας νοημοσύνης. Όταν όμως αντιλήφθηκα ότι αυτό το κινητήριο αίτιο εξασθενεί καθώς αυξάνει η απόσταση από τον ήλιο, ακριβώς όπως μειώνεται το φως του ήλιου, συμπέρανα ότι αυτή η δύναμη πρέπει να θεωρήσουμε ότι έχει υλική υπόσταση»
Με τα παραπάνω λόγια περιγράφεται μια απ’ τις μεγάλες διανοητικές περιπέτειες στην ιστορία της επιστήμης. Αργότερα έγραψε:
« Σκοπός μου είναι να δείξω ότι η μηχανή του ουρανού δεν είναι κάτι θεϊκό, ζωντανό, αλλά ένα είδος ωρολογιακού μηχανισμού, όπου όλες σχεδόν οι πολλαπλές κινήσεις οφείλονται σε μια πολύ απλή, μαγνητική και υλική δύναμη, όπως ακριβώς όλες οι κινήσεις του ρολογιού οφείλονται σε ένα απλό βάρος».
Το πέρασμα απ’ την κινητήρια ψυχή στην κινητήρια δύναμη αποτελεί, μαζί με το ξεπέρασμα των μυστικιστικών καταλοίπων, την οριστική ρήξη με την κοσμική τάξη που είχε επιβάλει η αριστοτελική φυσική.