Όλα τα κυτταρικά μόρια RΝΑ συντίθενται από RΝΑ πολυμεράσες, σύμφωνα με οδηγίες που δίνονται από εκμαγεία DΝΑ. Τα ενεργοποιημένα πρόδρομα μονομερή υποστρώματα, είναι τριφωσφορικά ριβονουκλεοτίδια. Η κατεύθυνση της σύνθεσης του RΝΑ είναι 5’–> 3’ όπως και κατά τη σύνθεση του DΝΑ. Οι RΝΑ πολυμεράσες διαφέρουν από τις DΝΑ πολυμεράσες στο ότι δεν χρειάζονται αλυσίδα εκκίνησης, και δεν κατέχουν διορθωτική ικανότητα νουκλεάσης. Μία άλλη διαφορά είναι ότι το εκμαγείο του DΝΑ είναι συντηρητικό κατά τη σύνθεση του RΝΑ, ενώ είναι ημισυντηρητικό κατά τη σύνθεση του DΝΑ.
Όλα τα μόρια RNA στο βακτήριο E.coli συντίθενται από ένα μόνο είδος RNA πολυμεράσης. Το ολοένζυμο αυτό έχει μοριακή μάζα 400 Kd και σύσταση υπομονάδων α2ββ’σ ενώ η σύσταση του πυρήνα του ενζύμου είναι α2ββ’. Η μεταγραφή αρχίζει σε θέσεις προαγωγέων που αποτελούνται από δύο αλληλουχίες, η μία συμμετρικά τοποθετημένη εκατέρωθεν της θέσης -10 και η άλλη στη -35 δηλαδή 10 και 35 νουκλεοτίδια μακρυά απ’ τη θέση έναρξης προς την 5’ κατεύθυνση (ανοδικά). H ομόφωνη αλληλουχία της περιοχής -10 είναι ΤΑΤΑΑΤ (πλαίσιο Pribnow) και της -35 ΤΤGACA ( πλαίσιο Hogness). H υπομονάδα σ καθιστά ικανό το ολένζυμο να αναγνωρίζει θέσεις προαγωγέων, και να προσδένεται στις αντίστοιχες αλληλουχίες. Όταν η θερμοκρασία αυξηθεί το Ε coli εκφράζει μια ειδική υπομονάδα σ η οποία δεσμεύεται επιλεκτικά σε προαγωγείς γονιδίων του θερμικού σοκ.
Η ριφαμπίνη, ένα παράγωγο της ριφαμπικίνης είναι δραστικό αντιβακτηριακό φάρμακο, διότι προσδένεται στη β υπομονάδα του ολοενζύμου, παρεμποδίζοντας την έναρξη της μεταγραφής, χωρίς να επιδρά στις ευκαρυωτικές RNA πολυμεράσες.
Η δέσμευση της RNA πολυμεράσης σε μία περιοχή προαγωγέα, οδηγεί σε τοπικό ξεδίπλωμα του δεσμευμένου DNA, το οποίο επεκτείνεται κατά περίπου 17 νουκλεοτίδια στην αλυσίδα του εκμαγείου, και προετοιμάζει το έδαφος για τον σχηματισμό του πρώτου φωσφοδιεστερικού δεσμού. Οι αλυσίδες του RNA συνήθως αρχίζουν με pppG ή pppA. Η υπομονάδα σ αποδεσμεύεται από το ολοένζυμο μετά από την έναρξη του πολυμερισμού μιας νέας αλυσίδας. Η επιμήκυνση επιτελείται στις θέσεις των φυσαλίδων μεταγραφής, οι οποίες μετακινούνται κατά μήκος του εκμαγείου DNA με ρυθμό περίπου 50 νουκλεοτίδια ανά δευτερόλεπτο. Η νεοσυντιθέμενη αλυσίδα του RNA περιέχει σήματα τερματισμού τα οποία σταματούν τη μεταγραφή. Ένα από τα σήματα τερματισμού είναι μία περιοχή του RNA με δομή “φουρκέτας” που ακολουθείται από μερικά νουκλεοτίδια U. Ένα διαφορετικό σήμα τερματισμού αναγνωρίζεται από την εξαμερή πρωτεΐνη rho, που είναι μία ΑΤΡάση. [1]
Τα ευκαρυωτικά κύτταρα περιέχουν στον πυρήνα τους τρία είδη RNA πολυμερασών: Η πολυμεράση τύπου Ι φτιάχνει μόρια rRNA, η πολυμεράση τύπου ΙΙ φτιάχνει μόρια mRNA (και μερικά snRNA), και η πολυμεράση τύπου ΙΙΙ φτιάχνει μόρια tRNA (και τα 5S rRNA το 7S RNA κ μερικά snRNA). Οι πολυμεράσες αυτές είναι μεγάλα ένζυμα με μοριακές μάζες που υπερβαίνουν τα 500 Kd και συμπλέγματα άνω των 10 πολυπεπτιδικών υπόμονάδων. Ο υποπυρηνικός εντοπισμός και το μεταγραφικό προϊόν της καθεμιάς έχει προσδιοριστεί από την διαφορετική ευαισθησία που επιδεικνύουν στην α-αμανιτίνη- ένα τοξικό δικυκλικό οκταπεπτίδιο από το δηλητηριώδες μανιτάρι Αmanita phalloides. Η πολυμεράση Ι δεν επιδεικνύει ευαισθησία. Η πολυμεράση ΙΙ είναι πολύ ευαίσθητη ακόμα και σε χαμηλά επίπεδα α-αμανιτίνης, ενώ η ΙΙΙ αδρανοποιείται μόνο σε υψηλά επίπεδα α-αμανιτίνης.
Όι προαγωγείς για την RNA πολυμεράση ΙΙ είναι τοποθετημένοι προς το 5’ άκρο της θέσης έναρξης της μεταγραφής. Αποτελούνται από την περιοχή ΤΑΤΑ η οποία βρίσκεται κατά προσέγγιση συμμετρικά τοποθετημένη εκατέρωθεν της θέσης -25, καθώς και επιπρόσθετες αλληλουχίες ανοδικά, που συνήθως είναι τοποθετημένες μεταξύ των -40 και 100 θέσεων (CAAT box και GC box). Aναγνωρίζονται από πρωτεϊνες οι οποίες καλούνται παράγοντες μεταγραφής, παρά από την RNA πολυμεράση ΙΙ. Όι θέσεις όπου δεσμεύονται οι διάφοροι παράγοντες μεταγραφής έχουν βρεθεί με αποτύπωση, μια τεχνική που μπορεί να ταυτοποιεί περιοχές επί του εκμαγείου DNA προστατευόμενες από πέψεις ή χημικές τροποποιήσεις.
Τουλάχιστον 4 μεταγραφικοί παράγοντες (Transcription Factors: ΤF) και η RNA πολυμεράση ΙΙ απαιτούνται για την έναρξη της μεταγραφής από ΤΑΤΑ box υποκινητες. O TF II D αναγνωρίζει και προσδένεται στις ΤΑΤΑ box αλληλουχίες ανεξάρτητα από την RNA πολυμεράση ΙΙ. Ο ΤF II A συνδέεται με τον TF II D που είναι δεσμευμένος στο ΤΑΤΑ box. O ΤF II B δεσμεύεται στην RNA πολυμεράση ΙΙ και διευκολύνει τη σύνδεσή της στο σύμπλοκο των TF II D και TF II A στο ΤΑΤΑ box. Ο σχηματισμός αυτού του συμπλόκου προενάρξεως τροφοδοτείται από την υδρόλυση του ΑΤΡ πάνω στον TF II B που είναι μία ΑΤΡαση. Τέλος ο TF II E δεσμεύεται στο σύμπλοκο προενάρξεως και (εάν υπάρχουν τριφωσφορικοί ριβονουκλεοζίτες) προκαλείται εκκίνηση της μεταγραφής στο σημείο ενάρξεως. [2]