Το 1935 στο Α’ Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης που στεγάζονταν σε κτίριο επί της  οδού Βασιλέως  Γεωργίου δημιουργήθηκε  παράρτημα που μετεξελίχθηκε κατά το σχολικό έτος 1936-1937 σε ξεχωριστή σχολική μονάδα με τον τίτλο

“Ε΄ Γυμνάσιο  Αρρένων Θεσσαλονίκης” .

Το 1938 μεταστεγάστηκε στο κτίριο   επί της οδού  Βασ. Όλγας 105 στην επονομαζόμενη Βίλα Καπαντζή. Το παραδοσιακό κτήριο του Ε’ Γυμνασίου ήταν ένα μαγευτικό διδακτήριο για καθηγητές και μαθητές σε ένα όμορφο περιβάλλον. Η  δυτική αυλή του, όπου γίνονταν το διάλειμμα και οι υπαίθριες εκδηλώσεις του σχολείου συνόρευε με τη θάλασσα, καθώς δεν είχε γίνει ακόμη η επιχωμάτωση της νέας παραλίας. Οι μαθητές από τα μεγάλα παράθυρα των αιθουσών χάζευαν την θάλασσα και πολλές φορές έκαναν μπάνιο ή βαρκάδα δίπλα στο σχολείο τους. Στη λήξη κάθε σχολικού έτους υπήρχε η συνήθεια, αντί για το μεταγενέστερο μπουγέλωμα με νερά,  οι απόφοιτοι να βουτάνε ντυμένοι  στα δροσερά νερά του Θερμαϊκού.

Το σχολείο αποκτά μεγάλη φήμη εξαιτίας του υψηλού επιπέδου των εκπαιδευτικών και των επιτυχιών των μαθητών του στα Πανεπιστήμια. Το δε πτυχίο του αποκτά ιδιαίτερη αξία στη κοινωνία της Θεσσαλονίκης.Την τελευταία χρονιά της μεταστέγασής του, το 1961-62, αποφοίτησαν και οι πρώτες τέσσερις (!) μαθήτριες που είχαν εγγραφεί στην αρχή της σχολικής χρονιάς στο πρακτικό τμήμα του σχολείου.  Ήταν τα  πρώτα τυχερά κορίτσια, ανάμεσα σε δεκάδες αγόρια, που έσπασαν το άβατο των γυμνασίων αρρένων.

Το φημισμένο Ε’ Γυμνάσιο Αρρένων έβγαλε εκατοντάδες απόφοιτους που σταδιοδρόμησαν σε όλους τους τομείς της επιστήμης, της κοινωνίας και της οικονομίας. Ενδεικτικά μόνο αναφέρουμε μερικά γνωστά ονόματα που φοίτησαν στο Ε’ Γυμνάσιο Αρρένων, όταν στεγαζόταν στην έπαυλη Καπαντζή ως το 1962. Είναι οι πολιτικοί  Νίκος Ακριτίδης, Γιάννης Ιωαννίδης, Σωτήρης Κούβελας,  Χρίστος Κοσκινάς, Γιώργος Λιάνης, οι καλλιτέχνες  Γιώργος Ακκοκαλίδης, Διονύσης Σαββόπουλος,  Άλκης Στέας,  Γιώργος Χατζηνάσιος, Βασίλης Τριανταφυλλίδης (Χάρρυ Κλυνν), οι πανεπιστημιακοί  Γιώργος Βέλτσος, Πέτρος Δήτσας, Χρύσανθος Ζαμπούλης, Γιώργος Καρφής, Ιωάννης Κλωνιζάκης, Στέφανος Μπαλλής  Θεοχάρης Παζαράς, Γιώργος Πενέλης,  ο  λογοτέχνης Νίκος Μπακόλας και πολλοί άλλοι  εκπαιδευτικοί και επιχειρηματίες που κοσμούν την κοινωνία της Θεσσαλονίκης.

Το 1962 κτίζεται σχολικό κτίριο ειδικά για το 5ο Γυμνάσιο επί της οδού  Κριεζώτου

Την δεκαετία του 1970  μετατρέπεται σε Πειραματικό Γυμνάσιο και Λύκειο ενώ τον τίτλο του 5ου Γυμνασίου τον κληρονομεί το σχολείο μας που από 27ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης ονομάστηκε

“5ο Γυμνάσιο Θεσσαλονίκης”.

Το κτίριο είχε χαρακτηριστεί διατηρητέο με απόφαση του 1987.

Τον Σεπτέμβριο του 2016 εγκαινιάστηκε η νέα πτέρυγα του ιστορικού Ε΄ Αρρένων επί της οδού Κριεζώτου 2 στο οποίο στεγάζεται πλέον το σχολείο μας.