Μετά τη συγκρότηση του ελληνικού κράτους, στις περιοχές που έμειναν έξω από τα σύνορά του συνεχίστηκαν τα επαναστατικά κινήματα, με σκοπό την απελευθέρωσή τους από την οθωμανική κυριαρχία. Ιδιαίτερα στη Μακεδονία και στην Κρήτη οι επαναστατικές ενέργειες ήταν πολλές.
Στη Μακεδονία οργανώθηκαν επαναστατικά κινήματα αλλά αναγκάστηκαν να αποχωρήσουν ύστερα από την παρέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων και την πίεση του τακτικού τουρκικού στρατού. Tο 1878 οι επαναστάτες κήρυξαν την ένωση με το ελληνικό κράτος ,όμως ηττήθηκαν και διασκορπίστηκαν.
Η ελληνική Κυβέρνηση κατάφερε στο συνέδριο του Βερολίνου να πείσει τις Μεγάλες Δυνάμεις να μην παραχωρήσουν τη Μακεδονία στη Βουλγαρία, αλλά να παραμείνει επαρχία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.(1878)
Το 1866 επαναστατεί και η Κρήτη.Η κρητική επανάσταση κορυφώθηκε με το ολοκαύτωμα στο Αρκάδι.
