Το Πλαίσιο οργάνωσης σχολικής ζωής καταρτίζεται με τη συνεργασία των μαθητικών κοινοτήτων κάθε σχολείου. Η τελική απόφαση είναι του Συλλόγου Διδασκόντων/ουσών. Για τον σκοπό αυτό στην αρχή του διδακτικού έτους και μετά την ανάδειξη των νέων Μαθητικών Συμβουλίων ακολουθεί συζήτηση στις συνελεύσεις των Μαθητικών Κοινοτήτων σχετικά με τους κανόνες που πρέπει να διέπουν τη σχολική ζωή. Στην κατάρτισή του μπορεί να λαμβάνονται υπόψη οι ιδιαίτερες συνθήκες κάθε σχολείου, πάντα όμως σε συμμόρφωση με το ισχύον νομικό πλαίσιο. Στη σύνταξη του Πλαισίου είναι σημαντικό να επιλέγονται θετικές διατυπώσεις, να ενισχύονται θετικές συμπεριφορές και να επιβραβεύεται η επίτευξη στόχων, ώστε το Πλαίσιο οργάνωσης σχολικής ζωής να μην προσλαμβάνεται από την σχολική κοινότητα ως ένα σύνολο απαγορεύσεων, αλλά να εστιάζει στην πρόληψη και να ενθαρρύνει με θετικό τρόπο την υιοθέτηση καλών πρακτικών επικοινωνίας και ελέγχου της συμπεριφοράς.

Μπορεί επίσης, να συζητηθούν στις συνελεύσεις των Μαθητικών Κοινοτήτων και στη συνέχεια να περιγραφούν στο Πλαίσιο οργάνωσης σχολικής ζωής οι παιδαγωγικού χαρακτήρα ενέργειες που έχει τη δυνατότητα να αξιοποιήσει η σχολική κοινότητα σε περιπτώσεις συμπεριφορών που παρεκκλίνουν από τους συμφωνημένους κανόνες (ανάθεση ρόλου μέντορα στα μεγαλύτερα παιδιά, διαμεσολάβηση, συμβουλευτικές συναντήσεις με τις υποστηρικτικές εκπαιδευτικές δομές κτλ.).