Η Φιλική Εταιρεία ήταν μια κρυφή ομάδα. Ως τέτοια, λοιπόν, δεν θα μπορούσε σε καμία περίπτωση να χρησιμοποιεί τους κλασικούς τρόπους επικοινωνίας μεταξύ των μελών της. Ο κίνδυνος να αποκαλυφθούν στους Τούρκους ήταν μεγάλος.

Έτσι επιστρατεύτηκαν μυστικοί κώδικες προκειμένου να μπορούν να συνεννοούνται χωρίς να μπορεί κάνεις άλλος πέρα από τους μυημένους να αντιληφθεί το τι λένε.

Για να μπορέσουμε σιγά- σιγά να μπούμε στη λογική του τρόπου επικοινωνίας μεταξύ των μελών της Φιλικής Εταιρείας θα πρέπει αρχικά να κατανοήσουμε τον κρυπτογραφικό κώδικα που είχαν εφεύρει.

Πιο αναλυτικά το κρυπτογραφικό αλφάβητο της Φιλικής Εταιρείας είχε ως εξής:

Όπως γίνεται εύκολα αντιληπτό από το αλφάβητο λείπουν τα γράμματα Η και Υ τα οποία αντικαθιστούσε συνήθως το Ι.

Σε κάποιες απεικονίσεις του αλφάβητου λείπει το Ω, ενώ υπάρχει κωδικοποίηση για το ΟΥ.  Τα γράμματα Ξ και Ψ τα αντικαθιστούσαν με το ΚΣ και το ΠΣ και συνεπώς η κρυπτογράφηση τους είναι το «άθροισμα» αυτών των γραμμάτων που αμέσως γινόταν 4α και 9α αντίστοιχα.

Τεχνικές κρυπτογράφησης χρησιμοποιούμε και σήμερα για να μπορούμε να στέλνουμε με ασφάλεια μηνύματα μέσω υπολογιστών ή κινητών συσκευών. Εξασφαλίζουμε με αυτόν τον τρόπο ότι δεν θα μπορέσει κάποιος να διαβάσει τα μηνύματά μας.