Τα εργαστήρια του ΕΚ Ναυπάκτου ανά τομέα είναι τα παρακάτω:
Τομέας Γεωπονίας, Τροφίμων και Περιβάλλοντος
- Εργαστήριο Τεχνολογίας Τροφίμων & Ποτών
Τομέας Δομικών Έργων
- Εργαστήριο Κτιριακών Έργων
- Σχεδιαστήριο
Τομέας Ηλεκτρολογίας, Ηλεκτρονικής & Αυτοματισμού
- Εργαστήριο Ηλεκτρονικών Εφαρμογών
- Εργαστήριο Ηλεκτρονικών Υπολογιστικών Συστημάτων & Δικτύων
- Εργαστήριο Ηλεκτρολογίας
- Εργαστήριο Αυτοματισμού
- Εργαστήριο Ηλεκτρικών Εγκαταστάσεων
Τομέας Μηχανολογίας
- Εργαστήριο Μηχανολογικών Εγκαταστάσεων και Κατασκευών
- Εργαστήριο Θερμικών Εγκαταστάσεων και Τεχνολογίας Πετρελαίου & Φυσικού Αερίου
- Εργαστήριο Εγκαταστάσεων Ψύξης Αερισμού & Κλιματισμού
- Εργαστήριο Οχημάτων
Τομέας Οικονομίας & Διοίκησης
- Εργαστήριο Οικονομίας & Διοίκησης
Τομέας Πληροφορικής
- Εργαστήριο Πληροφορικής
- Εργαστήριο Εφαρμογών Η/Υ
Τομέας Υγείας – Πρόνοιας & Ευεξίας
- Εργαστήριο Αισθητικής τέχνης
- Εργαστήριο Κομμωτικής τέχνης
- Εργαστήριο Νοσηλευτικής
