Τα μαθήματα που διδάσκονται στα ΣΔΕ είναι τα εξής:
- Ελληνική Γλώσσα (3 ώρες την εβδομάδα)
- Μαθηματικά (3 ώρες την εβδομάδα)
- Αγγλικά (3 ώρες την εβδομάδα)
- Πληροφορική (3 ώρες την εβδομάδα)
- Κοινωνική Εκπαίδευση (3 ώρες την εβδομάδα)
- Περιβαλλοντική Εκπαίδευση (2 ώρες την εβδομάδα)
- Φυσικές Επιστήμες (2 ώρες την εβδομάδα)
- Πολιτισμική – Αισθητική αγωγή (1 ώρα την εβδομάδα)
- Συμβουλευτική – Σταδιοδρομία (1 ώρα την εβδομάδα)
- Συμβουλευτική – Ψυχολογία (1 ώρα την εβδομάδα)
- Εργαστήρια – διαθεματικά, projects (3 ώρες την εβδομάδα)
Το εβδομαδιαίο πρόγραμμα είναι 25 διδακτικές ώρες οι οποίες πραγματοποιούνται απογευματινές ώρες, από Δευτέρα έως Παρασκευή (5μμ – 9μμ). Επίσης παρέχονται ενισχυτικά μαθήματα σε όποια μαθήματα κρίνεται ότι οι εκπαιδευόμενοι έχουν ανάγκη.
