Τα σχολικά εκπαιδευτικά προγράμματα αποτελούν κρίσιμο κομμάτι της εκπαιδευτικής διαδικασίας, προσφέροντας ευκαιρίες για εκπαιδευτική εμπειρία εκτός των συνηθισμένων μαθημάτων. Αυτά τα προγράμματα σχεδιάζονται με σκοπό την ενίσχυση των γνώσεων, των δεξιοτήτων και των κοινωνικών δεσμών των μαθητών.
Κατά τη διάρκεια των σχολικών ετών, οι εκπαιδευτικοί του Γυμνασίου με Λ.Τ. Κιμώλου προγραμματίζουν, σχεδιάζουν, και υλοποιούν σχολικά εκπαιδευτικά προγράμματα με ποικίλες θεματολογίες (πολιτιστικά, περιβαλλοντικά, αγωγής υγείας κ.λπ.).