Στα ειδικά επαγγελματικά λύκεια εγγράφονται απόφοιτοι του επαγγελματικού γυμνασίου και των ειδικών και γενικών γυμνασίων και λυκείων. Η φοίτηση διαρκεί τέσσερα έτη.

Στο ΕΝ.Ε.Ε.ΓΥ.-Λ. Ηγουμενίτσας οι μαθητές της Β’ Λυκείου ακολουθούν τον τομέα Γεωπονίας, Τροφίμων και Περιβάλλοντος, με ειδικότητα Τεχνικός Φυτικής Παραγωγής.

Κατά το σχολικό έτος 2024 – 2025 στη σχολική μονάδα λειτουργούν τα ακόλουθα τμήματα Λυκείου:

• Ένα τμήμα Β’ Λυκείου
• Ένα τμήμα Γ’ Λυκείου
• Ένα τμήμα Δ’ Λυκείου