To Δημοτικό Σχολείο Αγαθονησίου, είναι μονοθέσιο.
Το σχολικό έτος 2021-2022 φοιτούν 3 μαθητές.
Εκπαιδευτικός και Προϊσταμένη είναι η κα Πιτσά Νικολέττα (ΠΕ70).
Παράλληλα για τη φετινή χρονιά, έχουν δοθεί με μερική διάθεση εκπαιδευτικοί από το Γυμνάσιο Λ.Τ. Αγαθονησίου, για να καλύψουν τα διδακτικά αντικείμενα:
των Αγγλικών ( Μόγλη Μαρίνα, ΠΕ06),
της Φυσικής Αγωγής ( Ζαννίδης Κίμων, ΠΕ11),
και της Πληροφορικής ( Αυγουστάκης Χρυσοβαλάντης, ΠΕ86).