To Δημοτικό Σχολείο Αγαθονησίου, είναι μονοθέσιο.

Το σχολικό έτος 2021-2022 φοιτούν 3 μαθητές.

Εκπαιδευτικός και Προϊσταμένη είναι η κα Πιτσά Νικολέττα (ΠΕ70).

Παράλληλα για τη φετινή χρονιά, έχουν δοθεί με  μερική διάθεση εκπαιδευτικοί από το Γυμνάσιο Λ.Τ. Αγαθονησίου, για να καλύψουν τα διδακτικά αντικείμενα:

των Αγγλικών ( Μόγλη Μαρίνα, ΠΕ06),

της Φυσικής Αγωγής ( Ζαννίδης Κίμων, ΠΕ11),

και της Πληροφορικής ( Αυγουστάκης Χρυσοβαλάντης, ΠΕ86).