Επιστημονικό άρθρο στο περιοδικό Science αναγνώρισε προγνωστικά γονίδια που σχετίζονται με την κλινική έκβαση για αρκετούς τύπους όγκων, π.χ. για τον καρκίνο του πνεύμονα και του παχέος εντέρου. Στην εικόνα 
, το γονίδιο JDP2, που καθορίζει έναν πρωτεϊνικό μεταγραφικό παράγοντα, αποτελεί προγνωστικό γονίδιο για τον αδενοκαρκίνωμα του εντέρου. Τα δεδομένα επέτρεψαν στους ερευνητές να δημιουργήσουν εξατομικευμένα μεταβολικά μοντέλα για ασθενείς με καρκίνο για τον εντοπισμό βασικών γονιδίων που εμπλέκονται στην ανάπτυξη όγκων. Το όνειρο της εξατομικευμένης θεραπείας για ασθενείς με καρκίνο έκανε ένα μεγάλο θετικό βήμα με την ανάλυση των προϊόντων (κυρίως πρωτεϊνών) γονιδίων σε 17 τύπους καρκίνου από 8.000 ασθενείς.
ΕΙΣΑΓΩΓΗ. Ο καρκίνος αποτελεί την κύρια αιτία θανάτου παγκοσμίως και υπάρχει μεγάλη ανάγκη να καθοριστούν οι μοριακοί μηχανισμοί που καθοδηγούν στην ανάπτυξη και εξέλιξη των διαφόρων όγκων. Τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα των διαφόρων τύπων καρκίνου έχουν δώσει ένα πλαίσιο για μια βαθύτερη μοριακή κατανόηση του καρκίνου και η εστίαση μέχρι στιγμής είχε επικεντρωθεί στις γενετικές μεταβολές μεμονωμένων καρκίνων, όπως αν ο καρκίνος οφείλεται σε αναδιατάξεις του γονιδιώματος ή σε γονιδιακές ενισχύσεις, είτε τέλος σε ειδικές μεταλλάξεις σε συγκεκριμένα γονίδια που οδηγούν στον καρκίνο. Η νέα μελέτη (Mathias Uhlen et al. A pathology atlas of the human cancer transcriptome. Science, 2017; 357) δεν επικεντρώνεται μόνο στις μεταλλάξεις των διαφόρων τύπων καρκίνων, αλλά στα μεταγραφικά και μεταφραστικά προϊόντα (πρωτεΐνες) αυτών των γονιδίων και στις αλληλοεπιδράσεις των πρωτεϊνών αυτών για την εμφάνιση της κλινικής εικόνας.
ΜΕΘΟΔΟΛΟΓΙΑ. Στη μελέτη εξετάστηκαν τα μεταγραφικά προϊόντα (RNA και πρωτεΐνες) 17 κύριων τύπων καρκίνου σε σχέση με την κλινική έκβαση, βασισμένη σε ανάλυση γονιδιώματος, καθώς επίσης στο πώς η έκφραση συγκεκριμένων γονιδίων επηρεάζει την επιβίωση των ασθενών σε 17 διαφορετικούς τύπους καρκίνου. Εξετάστηκαν το μεταγραφικά και μεταφραστικά προϊόντα σε 8000 ασθενείς και συσχετίστηκαν με κλινικά δεδομένα.
ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ/ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι ένα μεγάλο μέρος των γονιδίων που κωδικοποιούν πρωτεΐνες εκφράζονται διαφορικά και, σε πολλές περιπτώσεις του καρκίνου και έχουν αντίκτυπο στη συνολική επιβίωση των ασθενών. Η ανάλυση αναγνώρισε, επίσης, προγνωστικά γονίδια που σχετίζονται με την κλινική έκβαση για αρκετούς τύπου καρκίνου. Δεν υπάρχει γενικό προγνωστικό γονίδιο απαραίτητο για την κλινική έκβαση σε όλους τους καρκίνους. Η βραχύτερη επιβίωση των ασθενών γενικά συσχετίστηκε με γονίδια που εμπλέκονται στη μίτωση, στην κυτταρική ανάπτυξη και στην κυτταρική διαφοροποίηση. Τα δεδομένα μας επέτρεψαν να δημιουργηθούν εξατομικευμένα μεταβολικά μοντέλα γονιδιώματος για ασθενείς με καρκίνο για τον εντοπισμό βασικών γονιδίων που εμπλέκονται στην ανάπτυξη όγκου. Για τον καρκίνο του πνεύμονα και του παχέος εντέρου, μια επιλογή προγνωστικών γονιδίων τα οποία εντοπίστηκαν, αναλύθηκαν περαιτέρω χρησιμοποιώντας ανοσοϊστοχημεία για να επικυρωθούν τα πρότυπα γονιδιακής έκφρασης στο επίπεδο της πρωτεΐνης.
Αξίζει να ειπωθεί ότι ο Άτλας) είναι διαθέσιμος μέσω μιας διαδραστικής βάσης δεδομένων ανοικτής πρόσβασης. (www.proteinatlas.org/pathology).
Υπάρχει επίσης γονιδιωματικός (DNA) Άτλας πολλών τύπων καρκίνου, καθώς επίσης και Άτλας των Πρωτεϊνών που κωδικοποιούνται από μεταλλάξεις που προκαλούν καρκίνο.
Μετάσταση ονομάζεται η απόσπαση καρκινογόνων κυττάρων από τον πρωτοπαθή καρκινικό όγκο και η μεταφορά τους μέσω ιστού ή μέσο της λέμφου σε άλλα μέρη του σώματος και η δημιουργία δευτερεύοντος όγκου (μεταστατικός όγκος). Η μετάσταση είναι η κύρια αιτία θανάτων που σχετίζονται με τον καρκίνο. Σήμερα είναι γνωστός τόσο ο ΑΤΛΑΣ των πρωτεϊνών του καρκίνου, όσο και ο Άτλας ΓΟΝΙΔΙΩΜΑΤΟΣ του Καρκίνου, στον οποίο έχει προσδιοριστεί η αλληλουχία DNA των πρωτογενών τύπων όγκων που λαμβάνονται από χειρουργικές εκτομές. Παρόλα αυτά. γονιδιωματικός Άτλας από μεταστατικούς καρκίνους δεν ήταν διαθέσιμος. Σε εργασία (17/8/2017) στο περιοδικό Nature (Integrative clinical genomics of metastatic cancer) παρουσιάζεται η αλληλουχία του DNA όλων των εξωνίων (περιοχές που μεταγράφονται και μεταφράζονται σε πρωτεΐνη) από 500 ενήλικες ασθενείς με μεταστατικούς συμπαγείς όγκους διαφορετικής θέσης και βιοψίας. Τα πλέον διαδεδομένα γονίδια που μεταβλήθηκαν στον μεταστατικό καρκίνο περιλάμβαναν τα ακόλουθα: TP53, CDKN2A, PTEN, PIK3CA και RB1.
του Κωνσταντίνου Τριανταφυλλίδη, Καθηγητή Γενετικής ΑΠΘ