Το Σχολείο μας χαρακτηρίζεται και από μιαν άλλη ιδιότητα ή μάλλον δυνατότητα. Αυτή δεν είναι τίποτε άλλο παρά η ύπαρξη των «τμημάτων ένταξης».
Τα Τμήματα Ένταξης του 3ου Γυμνασίου Κομοτηνής ξεκίνησαν να λειτουργούν τον Σεπτέμβρη, καλύπτοντας τις εξειδικευμένες ανάγκες των μαθητών και των τριών τάξεων του Γυμνασίου.
Για την καθημερινή εξατομικευμένη μεταφορά , μεριμνά το σχολείο σε συνεργασία με το Δήμο Κομοτηνής, παρέχοντας ταξί σε μαθήτρια με προβλήματα κινητικότητας.
Ο Δάσκαλος στο Δημοτικό ή ο καθηγητής στο Γυμνάσιο, διαπιστώνοντας μαθησιακές δυσκολίες σε μαθητές τους και με την συνεργασία των γονέων, παραπέμπονται σε ειδική διαγνωστική υπηρεσία για αξιολόγηση των μαθησιακών του δυσκολιών, η οποία λειτουργεί στην πόλη μας (ΚΕ.Δ.Δ.Υ Κομοτηνής).
- Με την κατάλληλη ρύθμιση του προγράμματος του σχολείου μας ώστε τα παιδιά να μη χάνουν άλλα μαθήματα με τη συμμετοχή τους στο Τμήμα `Ένταξης.
- Με την ύπαρξη διαμορφωμένων αιθουσών που φιλοξενούν μόνο τους μαθητές Ε.Α.
- Με την ύπαρξη συνεργασίας ανάμεσα στον εκπαιδευτικό Ειδικής Αγωγής και στον εκπαιδευτικό της τάξης του μαθητή καθώς και με το Σχολικό Σύμβουλο.
- Επειδή ο κάθε μαθητής είναι ξεχωριστός, γίνεται σταδιακά η ένταξή του, έχοντας όλη την απαιτούμενη προσοχή από καθηγητές και μόνο της ειδικής αγωγής.
Φέτος στο σχολείο μας λειτουργούν 5 τμήματα ένταξης για τις 3 τάξεις και διδάσκουν οι καθηγητές :
- Τσώνη Παναγιώτα, (Φιλόλογος ειδικής αγωγής)
- Τριανταφύλλου Χρυσούλα, (Φιλόλογος ειδικής αγωγής)
- Παππάς Βασίλειος, (Μαθηματικός ειδικής αγωγής)
- Αλτιπαρμάκη Αλεξάνδρα, (Φυσικός ειδικής αγωγής)