Το 3ο Γυμνάσιο Κομοτηνής συμμετέχει στο πρόγραμμα εκπαίδευσης των παιδιών της μουσουλμανικής μειονότητας που υλοποιείται από το Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών. Το πρόγραμμα λειτουργεί στο σχολείο από το 2002.
Τη σχολική χρονιά 2011-2012, στα πλαίσια των ωρών λειτουργίας του σχολείου, 45 μαθητές/τριες παρακολούθησαν μαθήματα ενίσχυσης της Ελληνομάθειας και της γενικότερης επίδοσης τους. Εννιά εκπαιδευτικοί του σχολείου μας μόνιμοι και αναπληρωτές αλλά και 2 αδιόριστοι εκπαιδευτικοί δίδαξαν μαθήματα Γλώσσας, Λογοτεχνίας, Μαθηματικών, Φυσικής, Γεωγραφίας, Βιολογίας και Χημείας καθ’ όλη τη διάρκεια της χρονιάς. Επιπλέον τη φετινή περίοδο εξετάσεων Μαΐου- Ιουνίου διδάχθηκαν εκτός των παραπάνω μαθημάτων και μαθήματα Ιστορίας και Αρχαίων Ελληνικών.