Το μονοθέσιο (1/Θ) Νηπιαγωγείο Βαθέος Καλύμνου βρίσκεται στην τοποθεσία Βαθύ Καλύμνου και φοιτούν σε αυτό οι μαθητές και οι μαθήτριες από το χωριό Βαθύ. Η σχολική μονάδα αποτελείται από μια αίθουσα, η λειτουργικότητα της οποίας περιλαμβάνει το χώρο διδασκαλίας των παιδιών, το γραφείο της προϊσταμένης και την κουζίνα. Επίσης, υπάρχουν δυο τουαλέτες από τις οποίες η μία ανήκει στους μαθητές (αγόρια και κορίτσια) και η δεύτερη στους εκπαιδευτικούς.