Το τέλος της Βενετοκρατίας στην πόλη των Χανίων έρχεται το 1645 με την κατάληψη πόλης από τους Οθωμανούς Τούρκους. Στην περίοδο αυτή αρκετά κτίρια προσαρμόζονται με σκοπό να εξυπηρετήσουν τις ανάγκες και τις συνήθειες του νέου κατακτητή. Οι υπάρχοντες καθολικοί ναοί μετατρέπονται σε τζαμιά, ενώ συγχρόνως χτίζονται και νέα τζαμιά, ακολουθώντας τα πρότυπα της τούρκικης αρχιτεκτονικής.

Ένα από τα πρώτα οικοδομήματα των Τούρκων στην Κρήτη είναι το επιβλητικό τζαμί στο λιμάνι. Είναι το μοναδικό από τα σωζόμενα τζαμιά της πόλης που ανάγεται στο 2o μισό του 17ου αιώνα.αφιερωμένο στον Κιουτσούκ Χασάν που ήταν ο πρώτος Τούρκος φρούραρχος της πόλης των Χανίων. Ονομάζεται και Γιαλί Τζαμί, που σημαίνει “το παραθαλάσσιο τζαμί”, επειδή χτίστηκε δίπλα στην θάλασσα.

Το τζαμί είναι ένα τετράγωνο κτίσμα με μεγάλο τρούλο στην οροφή και τέσσερα πέτρινα τόξα που το καθένα ενώνει την κάθε γωνιά της οροφής με τον τρούλο. Οι δύο πλευρές του κύριου μέρους του τζαμιού που βλέπουν στη θάλασσα, περιβάλλονται από στοά, την οροφή της οποίας στολίζουν συνολικά 7 μικροί τρούλοι.

Στην νοτιοδυτική γωνιά του εναπομείναντος κτίσματος υπήρχε μιναρές από τον οποίο σώζεται η βάση του, και σε όλη την νότια πλευρά του τεμένους κήπος με φοίνικα που περιβάλλονταν από ψηλό τοίχο με πόρτα και μεγάλα παράθυρα, περίπου όμοιο με την βόρεια και δυτική πρόσοψη του κτιρίου. Το Γιαλί Τζαμισί λειτουργούσε ως μουσουλμανικός ναός μέχρι το 1923, οπότε έφυγαν από την Κρήτη οι τελευταίοι μουσουλμάνοι με την ανταλλαγή πληθυσμών.

Σήμερα ο μικρός εσωτερικός χώρος του τζαμιού χρησιμοποιείται ως χώρος, εικαστικών κυρίως, εκθέσεων.