Ιδρύθηκε με ΦΕΚ:128/τ. Α΄/22-06-1966, ως μονοθέσιο και με ΦΕΚ:360/ΤΒ/1973 γίνεται διθέσιο. Έχει αλλάξει 5 ταχ. διευθύνσεις. Υπήρξε το πρώτο ιδρυθέν ολοήμερο της ευρύτερης περιοχής Πατελών, Πεντεβή, Αγ.Αικατερίνης, Φιλοθέης.
Από το σχολ. έτος: 2006-2007 που λειτούργησε ως ολοήμερο ΦΕΚ :1425/13/19-06-2004, μέχρι και το 2020-2021 λειτούργησε ως μονοθέσιο λόγω έλλειψης χώρου, στην οδό Καραϊσκάκη 4, Πατέλες. Από το 2006 γίνονταν προσπάθειες μεταστέγασης ώστε να διατηρηθεί η οργανικότητά του ως διθέσιο. Το 2010, μετά από διακήρυξη του Δήμου, βρέθηκε χώρος, αλλά εκτάκτως παραχωρήθηκε στο 65ο Ν/Γ λόγω έξωσης από το χώρο τους . Έγινε νέα προσπάθεια (αρ.πρωτ.:104/24-07-2013), βγήκε ξανά διακήρυξη του δήμου (15-04-2014), αλλά δε βρέθηκε χώρος. Η προσπάθεια συνεχίστηκε και το σχολικό έτος 2020-2021 αποφασίστηκε η μεταστέγασή του, το Σεπτέμβριο του 2021 σε λυόμενες αίθουσες από την ΚΤΥΠ.
Από το σχ. έτος 2021-2022 (έτος μεταστέγασης στη Μ.Ψελλού 19) έως και το σχ.έτος 2022-2023, λειτουργεί ως τριθέσιο, με 3 υποχρεωτικά και 3 ολoήμερα τμήματα και αύξηση των γεωγραφικών του ορίων.
Το σχ. έτος 2023-2024 μεταστεγάζεται σε νέα διεύθυνση, Κάντια και Φιλικής Εταιρείας, 71307, Αγία Αικατερίνη Ηρακλείου, σε βιοκλιματικό κτίριο και από τότε ως και το σχ. έτος 2024-2025 λειτουργεί ως διθέσιο, με 2 υποχρεωτικά και 2 ολοήμερα τμήματα. Συστεγάζεται με το 65ο Νηπιαγωγείο Ηρακλείου. Καταλαμβάνει περίπου 400τ.μ. εσωτερικά και 400τ.μ. αύλειο χώρο.
Από το σχολικό έτος 2006-2007 έως και το σχολικό έτος 2024-2025 προϊσταμένη του είναι η νηπιαγωγός Σοφία Καπετανάκη, με πολυετείς κι επιτυχείς προσπάθειες για την αναβάθμιση του νηπιαγωγείου τόσο κτιριακά όσο και λειτουργικά, παιδαγωγικά.
Το σχ. έτος 2025-2026 συγχωνεύεται με το συστεγαζόμενό του 65ο Νηπιαγωγείο, ΦΕΚ 4552/ τ. Β/20-08-2025, διατηρώντας το όνομά του. Γίνεται πολυδύναμο, τετραθέσιο και ιδρύεται σ’ αυτό και τμήμα ένταξης. Διευθύντρια του πολυδύναμου πλέον 6ου Νηπιαγωγείου Ηρακλείου η νηπιαγωγός Ιφιγένεια Κρεμμύδα.
Είναι δημόσιο Νηπιαγωγείο. Ανήκει στην διοικητική ευθύνη της Περιφερειακής Δ/νσης Εκπ/σης Κρήτης και ειδικότερα στην Δ/νση Α/θμιας Εκπ/σης Ν. Ηρακλείου και στη παιδαγωγική ευθύνη της Συμβούλου Εκπαίδευσης 3ης Ενότητας ΠΕ60 Κρήτης. Οικονομικά ανήκει στη Σχολική Επιτροπή Α/θμιας Εκπ/σης Δ.Ηρακείου Κρήτης. Τηλ.: 2810211547. Mail: mail@6nip-irakl.ira.sch.gr Ιστοσελίδα: https://blogs.sch.gr/6nipirakl/