Στα Πρότυπα και Πειραματικά Σχολεία λειτουργούν όμιλοι αριστείας, δημιουργικότητας και καινοτομίας. Οι όμιλοι αφορούν γνωστικούς τομείς όπως τα μαθηματικά, τις φυσικές επιστήμες, τη γλώσσα, τη λογοτεχνία, τα νέα γνωστικά αντικείμενα όπως η αστρονομία, η ρομποτική κ.λπ. καθώς και λοιπά πεδία όπως τα εικαστικά, ο αθλητισμός κ.ά., και έχουν ως σκοπό τόσο στην ολόπλευρη ανάπτυξη των μαθητών, όσο και στην ανάπτυξη της δημιουργικότητας και την προώθηση της αριστείας και της καινοτομίας. Στο πλαίσιο λειτουργίας τους αξιοποιούνται σύγχρονες διδακτικές μεθοδολογίες και μέσα διδασκαλίας, αναπτύσσεται καινοτόμο εκπαιδευτικό υλικό και υλοποιούνται συνεργασίες με Α.Ε.Ι., Ερευνητικά Κέντρα, Ιδρύματα και άλλους φορείς.
Για το σχολικό έτος 2025-2026 θα λειτουργήσουν οι ακόλουθοι 2 όμιλοι: