Πέραν των πιεστικότατων οικονομικών, κοινωνικών και διπλωματικών προβλημάτων, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει δύο σημαντικά εμπόδια στην πολιτική του για την οικοδόμηση του νεοπαγούς ελλαδικού κράτους: πρώτον την εχθρότητα Γαλλίας και Αγγλίας, τα γεωστρατηγικά συμφέροντα των οποίων στην Ανατολική Μεσόγειο κινδύνευαν από την προοπτική δημιουργίας ενός νέου και δυναμικού ναυτικού και εμπορικού κράτους έξω από τον έλεγχό τους ή, χειρότερα, υπό την επιρροή της Ρωσίαςˑ δεύτερον, τους φατριασμούς και τα τοπικιστικά, οικονομικά και πολιτικά συμφέροντα των κοτζαμπάσηδων, Φαναριωτών και πλοιοκτητών, οι οποίοι και επεδίωκαν διατήρηση των προνομίων και συμμετοχή στη νομή της εξουσίας. Εν τέλει ο συνδυασμός των παραπάνω παραγόντων προετοίμασε το έδαφος και οδήγησε στην πολιτική και φυσική εξόντωση του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας
Στις 9 Οκτωβρίου (27 Σεπτεμβρίου) 1831, έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος στο Ναύπλιο πυροβόλησαν και μαχαίρωσαν θανάσιμα τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, καθώς πήγαινε να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία λειτουργία. Τον Καποδίστρια συνόδευε ο Κρητικός μονόχειρας σωματοφύλακάς του Γεώργιος Κοζώνης, ο οποίος πυροβόλησε τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη. Τον τελευταίο τον αποτελείωσε ο όχλος, το δε πτώμα του πετάχθηκε στο λιμάνι, εφονεύθη επί τόπου από τους προστρέξαντες, οι οποίοι κυριολεκτικώς τον λυντσάρισαν. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης ζήτησε προστασία στη Γαλλική Πρεσβεία. Κατόπιν επιμόνου απαιτήσεως του συγκεντρωμένου πλήθους, που απείλησε ότι θα κάψει την πρεσβεία, ο αντιπρεσβευτής βαρόνος Ρουάν τον παρέδωσε στις αρχές. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης καταδικάσθηκε σε θάνατο από στρατοδικείο και εθανατώθη δια τυφεκισμού το πρωί της 10ης Οκτωβρίου 1831.Ο ετοιμοθάνατος κυβερνήτης μεταφέρθηκε από τον κόσμο σε παρακείμενο φαρμακείο, όπου εξέπνευσε. Καταλυτικό ρόλο στην δολοφονία του διαδραμάτισαν οι ξένες δυνάμεις.
Ο Καποδίστριας είχε ειδοποιηθεί ότι οι δολοφόνοι του Κωνσταντίνος και Γεώργιος Μαυρομιχάλης παραμόνευαν στα στενά δρομάκια του Ναυπλίου, στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος. Τους είδε ακόμα να τον περιμένουν την ώρα που ερχόταν, αλλά θεώρησε ντροπή του να δειλιάσει τελευταία στιγμή και να φύγει, ενώ είχε επίγνωση πόσο σπουδαίο ήταν το αξίωμά του και το κύρος του.
Οι πηγές οι οποίες χρησιμοποιήθηκαν είναι η πηγή1 , η πηγή2 και η Εγκυκλοπαίδεια ΓΙΟΒΑΝΗ.
