Το πρώτο μεγάλο κύμα προσφύγων από τον Πόντο μετά την υποχρεωτική ανταλλαγή πληθυσμών ακολούθησε τους λοιπούς ανταλλάξιμους από τη Μικρά Ασία και την Ανατολική Θράκη και εγκαταστάθηκε σταδιακά στην Ελλάδα ενώ μέρος των προσφύγων κατέφυγε στη Σοβιετική Ένωση ή τις ΗΠΑ. Οι συνθήκες ταξιδιού και κράτησης των προσφύγων στις καραντίνες  των κέντρων ελέγχου στην Μακρόνησο,  τη Σαλαμίνα ή την Καραμπουρνού οδήγησε στην απώλεια αρκετών χιλιάδων ατόμων.

Η αρχική φιλοβενιζελική στάση των προσφύγων αναιρέθηκε σταδιακά, αρχικά με την προβληματική απόδοση των περιουσιών των ανταλλάξιμων μουσουλμάνων κι έπειτα με την υπογραφή της ελληνοτουρκικής Συνθήκης της Άγκυρας  (1930), η οποία παρέδιδε οριστικά την κυριότητα των περιουσιών των Ποντίων και Μικρασιατών στο τουρκικό κράτος. Με αφορμή αυτή τη συμφωνία, ο ίδιος ο Βενιζέλος πρότεινε τον Μουσταφά Κεμάλ  ως υποψήφιο για το Νόμπελ ειρήνης.

Η αποξένωση των προσφύγων κατά τις δύο πρώτες δεκαετίες της εγκατάστασής τους στην Ελλάδα οφειλόταν σε μεγάλο βαθμό στον φόβο του ελλαδικού πολιτικού συστήματος για την εξάπλωση του κομμουνισμού κι επηρέασε ιδιαίτερα τους Πόντιους της Σοβιετικής Ένωσης.

Η αντιμετώπισή τους από πλευράς των ντόπιων Ελλαδιτών υπήρξε ιδιαίτερα σκληρή. Προβλήματα οικονομικής (εκ νέου η τύχη των έρημων ιδιοκτησιών των μουσουλμάνων κυρίως της Μακεδονίας και της Κρήτης), ιδεολογικής (οι συντηρητικοί και φιλοβασιλικοί έβλεπαν στους πρόσφυγες τους πιστότερους ψηφοφόρους του Ελευθέριου Βενιζέλου) και πολιτισμικής φύσης (η ξεκάθαρη διάσταση εμπειριών, γλώσσας και εθίμων)  προκάλεσαν πολλά επεισόδια κατά τα οποία οι πρόσφυγες σε ολόκληρη την Ελλάδα έγιναν θύματα ρατσιστικών και εγκληματικών ενεργειών. Πυρπολήσεις συνοικιών, δια της βίας εξώσεις από σπίτια και αποκλεισμός από τις οικονομικές δραστηριότητες χαρακτήρισαν την πρώτη δεκαετία. Ο ελλαδικός ρατσισμός συνεχίστηκε να εκφράζεται διαμέσου των περίφημων ανεκδότων γελοιοποίησης των Ποντίων.