Ο Πόντος μοιράστηκε από τους Οθωμανούς σε δύο μπεηλερμπεάτα, κάτι σαν τα Θέματα των Βυζαντινών: της Τραπεζούντας και του «Ρουμ», δηλαδή των Ρωμιών, που περιλάμβανε τα δυτικά εδάφη και το εσωτερικό του Πόντου.

Κατά τον 18ο αιώνα, στο χώρο του μικρασιατικού Πόντου υπήρχαν τρεις μητροπόλεις, η μητρόπολη Αμασείας με τίτλο μητροπολίτη «Υπέρτιμος και έξαρχος παντός Ευξείνου Πόντου», Νεοκαισαρείας και Ινέου με τίτλο «Υπέρτιμος και έξαρχος Πόντου Πολεμωνιακού» και Τραπεζούντας με τίτλο «Υπέρτιμος έξαρχος πάσης Λαζικής».

Οι χριστιανοί εκδιώκονται και περιθωριοποιούνται και οι εκκλησίες μετατρέπονται σε τεμένη. Στη Τραπεζούντα και στην περιφέρειά της οι εξισλαμισμοί θα λάβουν μεγάλη έκταση. Οκτώ χιλιάδες χριστιανοί από την πάλαι ποτέ πρωτεύουσα των Κομνηνών θα ιδρύσουν ορεινούς οικισμούς στην περιοχή της Θοανίας, που θα μείνει γνωστή ως Τόνια. Οι πληθυσμοί αυτοί θα εξισλαμιστούν στη συνέχεια. Το μεγάλο κύμα εξισλαμισμών θα ενσκήψει στα τέλη του 17ου αιώνα. Ο μητροπολίτης Τραπεζούντος Χρύσανθος πληροφορεί ότι οι εξισλαμισμοί στον Πόντο πραγματοποιήθηκαν την περίοδο 1648-1687 από τις πιέσεις των φεουδαρχών, των Ντερεμπέηδων.

Από τα τέλη του 17ου αιώνα θα ξεκινήσει η εκπαιδευτική κίνηση στον Πόντο όπως και στον υπόλοιπο ελληνικό κόσμο. Η Τραπεζούντα θα εξελιχθεί σε κέντρο των ελληνικών γραμμάτων. Το πρώτο σχολείο που λειτούργησε ήταν το «Φροντιστήριον Τραπεζούντος» το 1682. Στη Σινώπη υπήρχε ελληνικό σχολείο από το 1675.

Στην Αργυρούπολη ιδρύθηκε το 1733 και στα τέλη του 18ου αιώνα ιδρύθηκαν σχολεία στη Σαμψούντα και στην Κερασούντα. Κατά το 19ο αιώνα εκατοντάδες ελληνικά και αλληλοδιδακτικά σχολεία ιδρύθηκαν στον Πόντο.