Στην περίπτωση που υπάρχει επιθυμία για αλλαγή σχολείου και μόνο εφόσον αυτή πρόκειται για εξαιρετικά σοβαρούς λόγους, οι κηδεμόνες των μαθητών δύνανται να υποβάλουν αίτηση μετεγγραφής, στην οποία αναφέρουν τους λόγους του αιτήματος, προσκομίζοντας σχετικά έγγραφα προς τεκμηρίωσή του.  Η αίτηση υποβάλλεται με την έναρξη του διδακτικού έτους (Σεπτέμβριο) στις σχολικές μονάδες και όχι στη Διεύθυνση Β/μιας Εκπαίδευσης Πειραιά. Για δικαίωμα αίτησης μεταγραφής, πρέπει να έχει προηγηθεί εγγραφή των μαθητών στις σχολικές μονάδες της αρχικής τοποθέτησης.