Στη λαϊκή εξέγερση του 1931 το Κυβερνείο καταστράφηκε από πυρκαγιά και αποφασίστηκε να κτιστεί ένα καινούριο Κυβερνείο βασισμένο σε παραδοσιακά αρχιτεκτονικά στοιχεία του τόπου.
Το σχέδιο του νέου Κυβερνείου έγινε από Βρετανικό οίκο και το κτίσιμό του ανέλαβε το κυβερνητικό Τμήμα Δημοσίων Έργων της Κύπρου. Προηγήθηκαν επισκέψεις σε διάφορα παραδοσιακά κτίρια στην Κύπρο, όπου επισημάνθηκαν και αντιγράφηκαν αξιόλογα τοπικά παραδοσιακά στοιχεία αρχιτεκτονικής.
Βυζαντινά και γοτθικά στοιχεία, αλλά και λίγα τουρκικά, συνθέτουν την αρχιτεκτονική του κτιρίου. Η σειρά των κιόνων του ισογείου και του άνω ορόφου βασίζονται σε παρόμοια κατασκευή στο Μοναστήρι της Αχειροποιήτου κοντά στη Λάπηθο. Τα σκαλισμένα κιονόκρανα και οι βάσεις των κιόνων επιλέγηκαν από σχέδια από την Κυθρέα, τη Λάμπουσα και τη Λευκωσία. Οι αναλογίες του πύργου στο κέντρο του κτιρίου είναι παρμένες από το Κάστρο του Κολοσσιού. Στο πρωτότυπο σχέδιο η οροφή του κάστρου προβλεπόταν να γίνει με κεραμίδια σε σχήμα πυραμίδας, αλλά για ορισμένους πρακτικούς λόγους και για να υπάρξει ένα επιπρόσθετο βυζαντινό στοιχείο στην οικοδομή αντικαταστάθηκε με θόλο.
Στη νότια πλευρά του κτιρίου προέχουν δυο σειρές από τέσσερις ευτράπελες υδρορρόες. Οι χαμηλότερες τέσσερις παριστάνουν ανθρώπινες μορφές. Προσωποποιούν το γενικό επιστάτη του έργου, τον αρχικτίστη, τον αρχιξυλουργό και τον «άγνωστο» εργάτη. Οι άλλες τέσσερις υδρορρόες, που βρίσκονται πιο ψηλά, παριστάνουν τα τότε βασικά ζώα της Κύπρου, το βόδι, το γαϊδούρι, την καμήλα και το πρόβατο. Για τη γενική κατασκευή του κτιρίου χρησιμοποιήθηκε ειδική πέτρα (πουρόπετρα) από το Γερόλακκο για το απαλό γκριζοκίτρινο χρώμα της, τη σκληρότητα και την αντοχή της. Στους εσωτερικούς χώρους (τζάκια, σκάλες κλπ.), χρησιμοποιήθηκε ασβεστόλιθος από την περιοχή της Λεμεσού.
Αρκετή προσοχή στο κτίσιμο του Κυβερνείου δόθηκε, επίσης, σε ό,τι αφορά τη ξυλεία. Χρησιμοποιήθηκε ξύλο από τα Κυπριακά δάση (ευκάλυπτος, πεύκος, πλάτανος, κυπαρίσσι, καρυδιά, συκαμινιά) και από διάφορα μέρη της Βρετανικής Αυτοκρατορίας, όπως για παράδειγμα από τη Βούρμα και τον Καναδά. Η πόρτα της κύριας εισόδου του Κυβερνείου κατασκευάστηκε με πρότυπο την πόρτα του Μοναστηριού του Αγίου Χρυσοστόμου, που βρίσκεται στην οροσειρά του Πενταδακτύλου. Κάθε φύλλο σχηματίσθηκε από τουλάχιστο 288 μικρά ξύλινα κομμάτια από έξι διαφορετικά δένδρα, που ενώνονταν μεταξύ τους χωρίς να χρησιμοποιηθούν καρφιά ή βίδες. Έτσι αποφεύχθηκε η πιθανή στρέβλωσή τους. Τα σκαλιστά δοκάρια και οι καλαμένιες ψάθες της οροφής ήταν καθαρά Κυπριακής προέλευσης. Τα υποστηρίγματα των δοκών της οροφής στα κύρια δωμάτια είχαν αφαιρεθεί από παλαιό σπίτι που είχε κατεδαφιστεί. Ορισμένα διακοσμητικά στοιχεία εντός του κτιρίου, και κυρίως στη σκάλα ανόδου στον άνω όροφο, ήσαν αντιγραφές αρχαίων αντικειμένων, ενώ οι κουρτίνες ήσαν κεντημένες στο χέρι με Κυπριακά διακοσμητικά στοιχεία.
Μετά την ανεξαρτησία της Κύπρου και την αναχώρηση του Άγγλου Κυβερνήτη το 1960, το Κυβερνείο καθιερώθηκε ως το επίσημο Προεδρικό Μέγαρο της Κυπριακής Δημοκρατίας.
Το Προεδρικό Μέγαρο καταστράφηκε στις 15 Ιουλίου 1974, κατά το πραξικόπημα εναντίον του Εθνάρχη Μακαρίου. Τα πάντα κάηκαν, εκτός από τους όρθιους τοίχους που και αυτοί υπέστησαν ζημιές από την πυρκαγιά.
Ανοικοδομήθηκε λίγα χρόνια αργότερα με οικονομική χορηγία από την Ελλάδα και χρησιμοποιείται ξανά από το 1979 ως γραφείο και κατοικία του Προέδρου της Κυπριακής Δημοκρατίας.
