Στη βόρεια κεντρική παρυφή της Ξάνθης, ανάμεσα στο καταπράσινο πευκοδάσος, στο χώρο της Ιεράς Μονής των Παμμεγίστων Ταξιαρχών στεγάζεται και λειτουργεί η Εκκλησιαστική Σχολή της Ξάνθης από το 1945 μέχρι και σήμερα.

Κάτω από δύσκολες συνθήκες τα χρόνια εκείνα της ανασυγκρότησης, που αναδύονταν ακόμα οσμές καταστροφής από την κατοχή, αχνόφεγγε η ελπίδα της αναστήλωσης των ερειπίων μέσω του Ορθόδοξου Ελληνικού Κλήρου, που αποτελεί πάντοτε το βασικό παράγοντα συμβολής στη μόρφωση των Ελληνοπαίδων με θεμέλιο τη διδασκαλία των Αγίων Πατέρων της Εκκλησίας μας.

Έτσι, με σκοπό την κατάρτιση ικανών στελεχών που θα θεράπευαν τις πνευματικές ανάγκες του πληρώματος της Ελλαδικής Εκκλησίας και του Έθνους, το Σεπτέμβριο του 1945 από τη γενική Διεύθυνση Θρησκευμάτων του Υπουργείου Παιδείας μα το βασικό Α. Ν. 540 που δημοσιεύτηκε στο Φ.Ε.Κ. 230/1945, ιδρύθηκαν οι Επτατάξιες Ιερατικές Σχολές: Ξάνθης, Κορίνθου, Χανίων, Αγίας Αναστασίας Θεσσαλονίκης και Ιεροδιδασκαλείου Βελλάς Ιωαννίνων και τα Εκκλησιαστικά Φροντιστήρια με τα Οικοτροφεία τους, που τις δαπάνες συντήρησης και λειτουργίας ανέλαβε το κράτος.

Το 1975, 22 Φεβρουαρίου, ημέρα Σάββατο, πυρκαγιά αποτέφρωσε τις κτηριακές εγκαταστάσεις της παλαιάς Μονής και ως εκ θαύματος διασώθηκε το καθολικό και το καμπαναριό. Οι νέες κτηριακές εγκαταστάσεις των διδακτηρίων του Γυμνασίου και του Λυκείου, των μαγειρείων, του εστιατορίου, των κοιτώνων κτλ, ανεγέρθησαν μέσα σε λίγο χρονικό διάστημα (1976 οι κοιτώνες, όπου λειτουργούσαν και οι αίθουσες διδασκαλίας και το 1980 το διδακτήριο) με αποτέλεσμα να λειτουργήσει συντομότατα η Σχολή.

Το 2019, με την υπ’ αριθμ. 87509/Θ2 (ΦΕΚ Β’ 229/10-09-2019) Υ.Α.,το σχολείο μετονομάστηκε σε «Γενικό Εκκλησιαστικό Λύκειο – Γυμνάσιο Ξάνθης “Άγιοι Πέντε Νεομάρτυρες οι εκ Σαμοθράκης“»

Το 2024, με το ν. υπ’ αριθμ. 5128 / φεκ 118, τ. Α΄/ 30-07-2024  αναβαθμίστηκε σε Πρότυπο Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο – Πρότυπο Εκκλησιαστικό Λύκειο Ξάνθης