Ο Ηρακλής ήταν δυσαρεστημένος με τον Νηλέα γιατί αυτός είχε αρνηθεί να τον εξαγνίσει ύστερα από το φόνο του Ίφιτου. Διηγούνται επίσης πως στη διάρκεια του πολέμου των Θηβαίων, (με αρχηγό των Ηρακλή), εναντίων των Μινυών του Ορχομενού ο Νηλέας είχε πολεμήσει στο πλευρό του βασιλιά του Ορχομενού γιατί ήταν γαμπρός του. Άλλη παράδοση επίσης αναφέρει ότι ο Νηλέας είχε προσπαθήσει να κλέψει από τον Ηρακλή ένα μέρος από τα βόδια του Γηρυόνη.
Όποια και αν είναι η σωστή εκδοχή ο Ηρακλής μάζεψε στρατό και στράφηκε εναντίων του Νηλέα. Αρχηγός του στρατού των Πυλίων ήταν ο γιος του Νηλέα ο Περικλύμενος, ο οποίος είχε το χάρισμα να μεταμορφώνεται σε όποιο ζώο ήθελε. Όταν συγκρούστηκαν ο δύο στρατοί αρχικά ο Περικλύμενος έκανε μεγάλη ζημιά στους εισβολείς σκοτώνοντας το μισό στρατό του Ηρακλή.
Κάποια στιγμή ο Περικλύμενος μεταμορφώθηκε σε μέλισσα και πήγε και κάθισε στο άρμα του Ηρακλή περιμένοντας την κατάλληλη στιγμή για να τον σκοτώσει. Όμως η Αθηνά φανέρωσε στον Ηρακλή ποιος κρυβόταν πίσω από τη μορφή της μέλισσας και έτσι αυτός τον σκότωσε. Χωρίς τον Περικλύμενο οι Πύλιοι υπέκυψαν και στη μάχη που ακολούθησε σκοτώθηκαν άλλοι δέκα από τους γιους του Νηλέα και κατά μια εκδοχή και ο ίδιος ο Νηλέας.
