Το Γυμνάσιο Βαπτιστή του νομού Κιλκίς, ιδρύθηκε στις 6 Ιουλίου 1981 με την απόφαση Δ/21199/06-07-1981 (ΦΕΚ 224/Α/24-08-1981). Τα πρώτα σχολικά έτη λειτούργησε στις κτιριακές εγκαταστάσεις του Δημοτικού Σχολείου Βαπτιστή. Από το σχολικό έτος 1985-1986 λειτουργεί στο δικό του κτίριο που δεσπόζει πάνω σε γραφικό λόγο περιτριγυρισμένο από πευκόφυτη βλάστηση. Στο Γυμνάσιο Βαπτιστή φοιτούν μαθητές που προέρχονται από τα χωριά Βαπτιστής, Χωρύγι, Μεγάλη Βρύση, Καστανιές και Σταυροχώρι. Από την ημέρα της ιδρύσεως του διετέλεσαν Διευθυντές οι κάτωθι Λειτουργοί της Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης:
1. Αρχοντοπούλου Αλίκη από 28/08/1981 έως 03/07/1983
2. Ασβεστοπούλου Παρθένα από 04/07/1983 έως 29/11/1983
3. Αξαρλόγλου Αικατερίνη από 30/11/1983 έως 05/03/1984
4. Ξιφιλίδου Δέσποινα από 06/03/1984 έως 11/07/1984
5. Περδίου Ασημίνα από 12/07/1984 έως 08/09/1988
6. Χαραλαμπίδης Βασίλειος από 09/09/1988 έως 02/09/1990
7. Πιλαφάς Αριστείδης από 03/09/1990 έως 31/08/1992
8. Βαστάκης Κωνσταντίνος από 01/09/1992 εως 31/08/1994
9. Δαούλη Σοφία από 01/09/1994 έως 01/09/1996
10. Γκαράνης Εμμανουήλ από 02/09/1996 έως 30/09/1997
11. Τσακμαλής Γεώργιος από 01/10/1997 έως 01/09/2002
12. Γαράνης Εμμανουήλ από 02/09/2002 έως 11/11/2007
13. Καλπαξίδης Θεόδωρος από 12/11/2007 έως 30/06/2015
14. Τρόπιος Γεώργιος από 01/07/2015 έως 31/08/2017
15. Ιωακειμίδης Δημήτριος από 01/09/2017 έως σήμερα.