Το Γενικό Λύκειο Σούδας ξεκίνησε τη λειτουργία του με τη μορφή Λυκειακών τάξεων ως παράρτημα του 2ου Λυκείου Χανίων στις 13-6-1995. Αυτονομήθηκε το σχολικό έτος 1998-1999. Συστεγαζόταν με το Γυμνάσιο Σούδας από την ίδρυσή του μέχρι τον Ιούνιο του 2008. Σήμερα στεγάζεται σε ένα σύγχρονο κτήριο με επαρκή υλικοτεχνική υποδομή. Από το σχολείο μας έχουν αποφοιτήσει μέχρι τον Ιούνιο 2015 περίπου 1200 μαθητές, πολλοί από αυτούς καταξιωμένες ήδη προσωπικότητες στην επαγγελματική και κοινωνική ζωή.
Από το 2007 έως σήμερα στη θέση της διευθύντριας βρίσκεται κα Μαράκη Μαρία.