Στο  Ε.Ε.Ε.ΕΚ.  Κομοτηνής λειτουργεί τμήμα ΕΡΓΟΘΕΡΑΠΕΙΑΣ  από το 2010-2011 και στελεχώνεται από μία μόνιμη Έργοθεραπεύτρια (ΠΕ29) . Η γενικότερη λειτουργία του τμήματος διέπεται από τις βασικές αρχές της νομοθεσίας περί οργάνωσης και λειτουργίας των ΕΕΕΕΚ.

Η Εργοθεραπεία είναι μία παραϊατρική εφαρμοσμένη επιστήμη η οποία μέσα από σκόπιμες – κατευθυνόμενες  δραστηριότητες στοχεύει στην ανάπτυξη, βελτίωση και διατήρηση των γνωστικών, αισθητικοκινητικών, ψυχοκοινωνικών δεξιοτήτων των μαθητών. Δεξιότητες οι οποίες είναι απαραίτητες για την προσαρμογή και την ένταξη των μαθητών στο σχολικό περιβάλλον , την ομαλή παραμονή και παρακολούθηση του μαθήματος μέσα στην τάξη καθώς και τη συμμετοχή στις σχολικές ομαδικές δραστηριότητες μέσα κι έξω από το χώρο του σχολείου.

Επιπρόσθετα, προωθεί την αυτονομία των μαθητών ,εκπαιδεύοντάς τους μέσω στοχευμένων δραστηριοτήτων, που αφορούν στην καθημερινή τους ζωή (ατομική υγιεινή, ένδυση, σίτιση, μετακίνηση – προσβασιμότητα, εργασία – κανόνες και συμπεριφορές, αξιοποίηση ελεύθερου χρόνου, κοινωνικοποίηση). Η εκπαίδευσή τους πραγματοποιείται σε συνεργασία με τις άλλες ειδικότητες της σχολικής μονάδας , το Ε.Ε.Π., το Ε.Π. και το Ε.Β.Π..

     Το πρόγραμμα Εργοθεραπείας εφαρμόζεται σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο , με κατάλληλο εξοπλισμό (ανάλογα θεραπευτικά εργαλεία) ,εξατομικευμένα και ομαδικά . Με τη μορφή μικρών ομάδων ευνοείται η αλληλεπίδρααση  των μαθητών εκπαιδεύοντάς τους στην αυτοέκφραση και τον αυτοέλεγχο . Ωσστόσο ο ατομικός τρόπος παρέμβασης στοχεύει στην προσέγγιση κι αντιμετώπιση των εξειδικευμένων αναγκών του κάθε μαθητή ξεχωριστά, παρέχοντάς του περισσότερη οργάνωση μέσω εξατομικευμένων  ευκαιριών εξάσκησης κι επανάληψης.

Ο σχολικός Εργοθεραπευτής αξιολογεί και προσδιορίζει τις αναπτυξιακές , λειτουργικές και αισθητικοκινητικές δεξιότητες των μαθητών με παρατήρηση , ειδικές δοκιμασίες και τεχνικές καθορίζοντας τους στόχους αποκατάστασης και βελτίωσης. Κατά περίπτωση χρησιμοποιούνται αρχές μεθόδου TEACH, Αισθητηριακής Ολοκλήρωσης  (S I), Εντατικής Αλληλεπίδρασης (ntensive Interaction).

Ο Εργοθεραπευτής θα αξιολογήσει και θα ασχοληθεί με τις δεξιότητες των μαθητών που έχουν να κάνουν με:

• Αισθητικοκινητικές προσεγγίσεις, όπως αισθητηριακή επεξεργασία, σωματογνωσια, κιναισθησία, αδρή-λεπτή κινητικότητα και οπτικοκινητικό συντονισμό, προσανατολισμό στο χωρο- χρόνο, εκμάθηση δεξιού- αριστερού κ.α.
• Ικανότητα χρήσης Ανώτερων Εγκεφελικών Λιετουργιών όπως επίλυση προβλημάτων, μνήμη, προσοχή, οριοθέτηση δραστηριοτήτων  κ.α .
• Ψυχικοινωνικές δεξιότητες και ψυχολογικές συμπεριφορές όπως αυτοέλεγχος κι αυτοέκφραση, δεξιότητες στρεσογόνων παραγόντων και διαχείρηση αυτών, σύναψη διαπροσωπικών σχέσεων, κοινωνική συμπεριφορά κ.α.