Το σχολείο μας χωρίζεται σε δύο κτήρια: Το αριστερό -που είναι και το παλαιότερο – χτίστηκε το 1893, ταυτόχρονα με την κεντρική εκκλησία του χωριού μας, τη Μεταμόρφωση του Σωτήρος.

Το κτήριο που βρίσκεται δεξιά χτίστηκε το 1924-28 και λειτουργούσε ως Γυμνάσιο, μέχρι το 2012, οπότε και χτίστηκε το νέο κτήριο που στεγάζει το Γυμνάσιο – Λύκειο Βιλίων. Μετά την αποχώρηση των μαθητών της Δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, το κτήριο παραχωρήθηκε στο Δημοτικό Σχολείο.

Οι χώροι του σχολείου: Τάξεις Διδασκαλίας, Βιβλιοθήκη και αίθουσα Προβολών, αίθουσα Ηλεκτρονικών Υπολογιστών, αίθουσα Μουσικής, αίθουσες Ολοήμερου Προγράμματος.