Ο Αντετοκούνμπο ξεκίνησε να παίζει μπάσκετ με τους νέους στην ομάδα του Φιλαθλητικού με προπονητή τον Βασίλη Ξενάριο και αρχική επαφή τον Σπύρο Βελλινιάτη. Ξεκίνησε την επαγγελματική του σταδιοδρομία στην Α2 με την ομάδα του Φιλαθλητικού τη σεζόν του 2012-13. Όταν έκλεισε τα 18, το Δεκέμβριο του 2012, υπέγραψε τετραετές συμβόλαιο με την ισπανική Σαραγόσα, έναντι αμοιβής 250.000 ευρώ ανά σεζόν. Το συμβόλαιο θα διαρκούσε από τη σεζόν 2013-14 έως τη σεζόν 2016-17. Το συμβόλαιο είχε επίσης, ένα προσιτό ποσό εξαγοράς από κάθε ομάδα που παίζει στο NBA ή στην Ευρωλίγκα. Τελικά, έμεινε με τον Φιλαθλητικό για το υπόλοιπο της σεζόν 2012-13.
Στις 28 Απριλίου του 2013, ανακοινώθηκε ότι θα συμμετείχε επίσημα στο NBA Ντραφτ του 2013. Στις 27 Ιουνίου 2013, επιλέχθηκε στο νούμερο 15 του Ντραφτ. Στις 30 Ιουλίου του ίδιου έτους, υπέγραψε συμβόλαιο με τους Μιλγουόκι Μπακς.
Στην πρώτη του σεζόν στο ΝΒΑ είχε μέσο όρο 6,8 πόντους, 4,4 ριμπάουντ, 1,9 ασίστ 0,8 κοψίματα και 0,8 κλεψίματα σε 77 εμφανίσεις. Σκόραρε 23 φορές διψήφιο αριθμό πόντων και μάζεψε 2 φορές διψήφιο αριθμό ριμπάουντ, κάνοντας έτσι και τις δύο αυτές φορές νταμπλ νταμπλ (διψήφιος αριθμός σε 2 στατιστικές κατηγορίες). Τελείωσε το αγωνιστικό έτος με 61 κοψίματα, όντας πρώτος στην αντίστοιχη κατηγορία ανάμεσα στους νεοφερμένους παίκτες του ΝΒΑ, και κατετάγη συνολικά έβδομος στον κατάλογο νεοφερμένων (ρούκι) του πρωταθλήματος. Επίσης, επιλέχτηκε να παίξει στο Rising Stars Challenge στο Σαββατοκύριακο του NBA All-Stars που διεξήχθη στη Νέα Ορλεάνη, όπου σημείωσε 9 πόντους, 2 ασίστ και 2 ριμπάουντ σε 17 λεπτά συμμετοχής. Στο τέλος της σεζόν επιλέχτηκε στη δεύτερη NBA All-Rookie Team.
Την 1η Αυγούστου 2015, έπαιξε για την ομάδα της Team Africa στον αγώνα επίδειξης 2015 NBA Africa, αντιπροσωπεύοντας τη Νιγηρία καθώς οι γονείς του είχαν γεννηθεί εκεί.
Στις 26 Οκτωβρίου 2015, έλαβε επέκταση του συμβολαίου του από τους Μιλγουόκι Μπακς για το επόμενο αγωνιστικό έτος του 2016–17. Ο Αντετοκούνμπο βελτίωσε τον μέσο όρο σκοραρίσματος του σε σχέση με την προηγούμενη περίοδο, ανεβάζοντας τον μέσο όρο του στους 16 ανά αγώνα κατά τους πρώτους 20 αγώνες
Στις 19 Σεπτεμβρίου του 2016, ο Αντετοκούνμπο έλαβε τετραετή επέκταση συμβολαίου από τους Μιλγουόκι Μπακς με συνολικές απολαβές 100 εκατομμυρίων δολαρίων.
Στον πρώτο αγώνα του αγωνιστικού έτους 2016-2017 του NBA, ο Αντετοκούνμπο σκόραρε 31 πόντους στην ήττα των Μπακς με 107–96 από τους Σάρλοτ Χόρεντς Στις 21 Νοεμβρίου, έκανε το 6ο συνολικά τριπλ νταμπλ της σταδιοδρομίας του, με 21 πόντους, 10 ριμπάουντ, 10 ασίστ, 5 κλεψίματα, και 3 κοψίματα, στη νίκη των Μπακς επί των Ορλάντο Μάτζικ με 93–89.
.jpg)
Ο Γιάννης Αντετοκούνμπο σε στιγμιότυπο αγώνα έναντι των Κληβέλαντ Κάβαλιερς τον Δεκέμβριο του 2016
Στις 5 Δεκεμβρίου, ανακηρύχθηκε ο παίκτης της εβδομάδος για ολόκληρη την ανατολική περιφέρεια του NBA, μετά από τους αγώνες που έπαιξε από τη Δευτέρα 28 Νοεμβρίου, έως την Κυριακή 4 Δεκεμβρίου, οδηγώντας του Μπακς σε σερί 3 συνεχόμενων νικών και έχοντας 24,3 πόντους μέσο όρο (4ος υψηλότερος στην Ανατολική περιφέρεια), 10,0 ριμπάουντ (5ος σε ισοβαθμία), 6,3 ασίστ, και 3,67 κλεψίματα (κορυφαίος στο πρωτάθλημα).