Στο Τμήμα Ένταξης φοιτούν μαθητές με αναπηρία ή/και με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες (ε.ε.α.), για ορισμένες μόνο ώρες την εβδομάδα. Πρόκειται στην πλειοψηφία τους για μαθητές με μαθησιακές δυσκολίες. Στο Τμήμα Ένταξης μπορούν να φοιτούν και μαθητές χωρίς γνωμάτευση από διαγνωσιτκό φορέα (ΙΠΔ, ΚΕΣΥ), εφόσον το επιθυμεί ο γονέας, και μετά από τη σύμφωνη γνώμη του σχολικού συμβούλου Ειδικής Αγωγής. Από τους μαθητές με αναπηρία ή/και ε.ε.α που φοιτούν στις κανονικές τάξεις, η εκπαιδευτικός του Τ.Ε. προτείνει ορισμένους (ο μέγιστος αριθμός -σύμφωνα με το Ν.3699/2008- είναι 12 μαθητές) για υποστήριξη στο Τ.Ε., ανάλογα με τη σοβαρότητα των ε.ε.α τους, την ανάγκη για εξειδικευμένο εκπαιδευτικό πρόγραμμα, την ηλικία και την τάξη στην οποία φοιτούν και ανάλογα με τον αριθμό των μαθητών που έχει τη δυνατότητα να υποστηρίξει αποτελεσματικά (ΦΕΚ Β 449/2007, σ. 9390).
Η εκπαίδευση στο Τμήμα Ένταξης διαφοροποιείται ανάλογα με την αναπηρία ή την ε.ε.α. των μαθητών που φοιτούν σ’ αυτό. Βασίζεται στην άτυπη εκπαιδευτική αξιολόγηση που κάνει ο δάσκαλος της ειδικής αγωγής, λαμβάνοντας υπόψη και τις προτάσεις των εκπαιδευτικών της γενικής τάξης, αλλά και τη διάγνωση που προέρχεται από ιατροπαιδαγωγική υπηρεσία (ΙΠΔ) ή από το ΚΕΣΥ (πρώην ΚΕΔΔΥ), κι η οποία μεταξύ άλλων βασίζεται και σε ψυχο-διαγνωστικά τεστ. Με βάση την εκπαιδευτική αξιολόγηση και τις εισηγήσεις και προτάσεις του ΚΕΣΥ καθορίζονται οι εκπαιδευτικοί στόχοι και σχεδιάζεται το εξειδικευμένο πρόγραμμα του μαθητή από την εκπαιδευτικό του Τμήματος Ένταξης. Η εκπαιδευτικός του Τ.Ε. συνεργάζεται με τον/την εκπαιδευτικό της τάξης, ώστε να υπάρχει σύνδεση μεταξύ του κοινού και του εξειδικευμένου προγράμματος ως προς το περιεχόμενο και τον τρόπο υλοποίησής του (π.χ. συνδιδασκαλία). Ο στόχος είναι να υπάρχει συνεργασία, αλληλοενημέρωση και το δυνατόν κοινή διδακτική αντιμετώπιση απ΄ όλους τους εκπαιδευτικούς (γενικής αγωγής, ειδικής αγωγής και ειδικοτήτων) που διδάσκουν στο μαθητή (ΦΕΚ Β 449/2007, σ. 9390).
Η διδασκαλία στο Τμήμα Ένταξης μπορεί να γίνεται «ένας προς έναν» μεταξύ εκπαιδευτικού και μαθητή ή να λαμβάνει χώρα σε ολιγομελείς ομάδες μαθητών. Οι μαθητές με αναπηρία ή ε.ε.α. που φοιτούν στο Τμήμα Ένταξης είναι σαφώς λιγότεροι σε αριθμό από αυτούς της Γενικής Τάξης,, ενώ οι ρυθμοί διδασκαλίας και μάθησης είναι πιο χαλαροί και πιο αργοί από τους αντίστοιχους της Γενικής Τάξης, χωρίς φυσικά να υφίσταται ανταγωνισμός μεταξύ των μελών της ομάδας. Στο Τμήμα Ένταξης χρησιμοποιούνται πολλά εποπτικά μέσα και εναλλακτικοί τρόποι μάθησης, όπως παιδαγωγικό παιχνίδι, δραματοποίηση, μάθηση με υπολογιστή, διδασκαλία με χρήση αντικειμένων και εν συνεχεία μετάβαση στο εικονικό και συμβολικό επίπεδο. Η διδακτέα ύλη επιλέγεται και διαμορφώνεται από τον εκπαιδευτικό του Τ.Ε. μετά από τροποποιήσεις και προσαρμογές σε εγχειρίδια και στο υλικό που έχει συγκεντρώσει (βιβλία, ασκήσεις, κάρτες, κ.τ.λ) και δεν διατάσσεται κατά τάξη, βαθμίδα ή ηλικία, όπως συμβαίνει με το Εθνικό Αναλυτικό Πρόγραμμα, αλλά οργανώνεται σύμφωνα με τις ανάγκες του κάθε μαθητή (εξατομικευμένο πρόγραμμα). Κάποιες φορές ο εκπαιδευτικός του Τ.Ε. χρησιμοποιεί το υλικό της γενικής τάξης, όπως το βιβλίο του μαθητή και το τετράδιο ασκήσεων, για να βοηθήσει το μαθητή να ακολουθήσει το κοινό πρόγραμμα της Γενικής Τάξης όπου φοιτά. Άλλες όμως φορές χρησιμοποιεί εντελώς διαφορετικό εκπαιδευτικό υλικό, όπως λίστες για γρήγορο διάβασμα, ασκήσεις ανάγνωσης για κατανόηση, ασκήσεις για τονισμό, για ορθή γραφή, κ.τ.λ. Ο εκπαιδευτικός ειδικής αγωγής μπορεί να χρησιμοποιεί και το Πλαίσιο Αναλυτικού Προγράμματος Σπουδών Ειδικής Αγωγής (ΠΑΠΕΑ, Π.Δ 301/1996) με τα σχετικά διδακτικά εγχειρίδια («Δραστηριότητες Μαθησιακής Ετοιμότητας» και «Βιβλιοτετράδια του μαθητή») ή τα Αναλυτικά Προγράμματα Ειδικής Αγωγής και Εκπαίδευσης (Π.Ι., 2003) και τα Διαφοροποιημένα Α.Π.Σ. για μαθητές με αναπηρία ή ε.ε.α. (Π.Ι., 2004).
