Το 53ο Νηπιαγωγείο Θεσσαλονίκης απαρτίζεται από δύο τμήματα με βασικό υποχρεωτικό ωράριο λειτουργίας 08.15π.μ.-13.00μ.μ. Τις ώρες πριν και μετά τη λήξη αυτού του προγράμματος, καθώς και καθ’ όλη τη διάρκεια του χρόνου, εφαρμόζεται το «Παιδαγωγικό Πρόγραμμα Ελευθέρου Χρόνου» του «Ασύλου του Παιδιού».