Στη δυτική είσοδο του σχολείου, στο τέρμα της οδού Παπαδομιχελάκη, υπάρχει η εξής τουρκική επιγραφή:
” Αυτό το σχολείο το έκανε ο Κλάψας Εδεχέμ Μπέης και το δώρισε στην Παιδεία για να διαβάζουν τα θηλυκά παιδιά. Οι επισκέπτες και αυτοί που θα διδάξουν ας εύχονται γαι τη σωτηρία μου. 1210 μήνας Μπουχαρέμ”.
Τη μετάφραση της επιγραφής έκανε ο Τουρκοκρητικός από το Ρέθυμνο Μεχμέτ Ουσταμπιλαλάκης. Σήμερα για την ώρα δεν μπορεί να δει κανείς την επιγραφή επειδή το δέντρο που φαίνεται αριστερά στη φωτογραφία, στα δεξιά δηλαδή της εισόδου, έχει μεγαλώσει πολύ και την καλύπτει.
Το 1795 λοιπόν, όπως αντιστοιχεί στο χριστιανικό ημερολόγιο η μουσουλμανική χρονολογία, ο Εδεχέμ Μπέης έκτισε με δικά του έξοδα ένα κτήριο για να μαθαίνουν γράμματα τα κορίτσια. Η οικογένεια των Κλαψάρηδων είχε δωρίσει το 19ο αιώνα και κρήνες στην πόλη του Ρεθύμνου.
Επειδή το κτήριο προρορίζονταν για σχολείο των κοριτσιών των Μουσουλμάνων του Ρεθύμνου χτίστηκε με ψηλό φράκτη αλλά και με δύο εισόδους. Όταν αργότερα στον ίδο χώρο, αλλά σε χωριστό κτήριο, λειτούργησε σχολείο για αγόρια αυτά έπρεπε να μπαίνουν από την ανατολική πλευρα, από την είσοδο που είχαν χτίσει οι Βενετσιάνοι για την αυλή της εκκλησίας του Αγίου Φραγκίσκου.

Αυτή αριστερά είναι η δυτική είσοδο του σχολείου πριν γίνει η ανάπλαση της περιοχής. Οι Τουρκοκρητικοί στενέψανε το αρχικό βενετσιάνικο θύρωμα, το οποίο διακρίνεται με τις πλατιές πέτρες και τα δύο χαρακτηριστικά λιοντάρια, στις δύο πλευρές κάτω, μισοκατεστραμένα σήμερα. Πάνω, δεξιά και αριστερά, προσθέσανε ανάγλυφα τεμένη με μισοφέγγαρο, το σύμβολο της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Ανάμεσα στα δύο τόξα υπάρχει έγχρωμη ανάγλυφη παράσταση κληματαριάς.
Το πρώτο κτήριο του 1795 δεν υπάρχει σήμερα. Κατεδαφιστηκε και στη θέση του χτίστηκε το σημερινό από τον Γεώργιο Δασκαλάκη, πρακτικό μηχανικό, “πρωτομάστορα” δηλαδή, από το Ρουσσοσπίτι. Ο ίδιος ανέλαβε εκείνη την εποχή την ανέγερση του μιναρέ στο Νερατζέ Τζαμί απέναντι από το σχολείο σήμερα. Για την κατασκευή του εργάστηκαν χτίστες από την Πηγή Ρεθύμνου.
Για την ανέγερσή του μάλιστα η Μουσουλμουνική Δημογεροντεία έλαβε οικονομική βοήθεια είκοσι πέντε χιλιάδες γρόσια από τους Οθωμανούς της Πόλης. Εγκαινιάστηκε το 1893 από τον Μαχμούτ Τζελαλεδίν πασά. Γενικό Διοικητή Κρήτης (1891-4).
Το κτήριο παρέμεινε σχολείο θηλέων ενώ για τα αγόρια υπήρχε άλλο κτήριο, συνέχεια του σημερινού κτηρίου της Περιηγητικής λέσχης, το οποίο σήμερα δεν σώζεται.
Το κτήριο καλύπτει επιφάνεια 313τμ και το ύψος του φτάνει τα 12μ.
Τα παράθυρα στις γωνίες είναι χτιστά (τυφλά) για λόγους στατικότητας.
Το 1950 χτίστηκε εξωτερική τσιμέντινη σκάλα για να αντικαταστήσει την εσωτερική ξύλινη.
Ωστόσο η μορφή του κτηρίου παραμένει αναλοίωτη για πάνω από εκατόν είκοσι χρόνια.
Άλλωστε το κτήριο έχει χαρακτηρισθεί από το 1967 διατηρητέο ιστορικό μνημείο.