Δεν γνωρίζουμε αν ο Ηράκλειτος χρησιμοποίησε ποτέ την πασίγνωστη έκφραση τὰ πάντα ῥεῖ. Την πληροφορία αυτή μας την δίνει ο Πλάτων: «Λέει κάπου ο Ηράκλειτος ότι πάντα χωρεῖ καὶ οὐδὲν μένει, και παρομοιάζοντας τα υπάρχοντα πράγματα με τη ροή ενός ποταμού λέει ότι δεν μπορείς να μπεις στο ίδιο ποτάμι δυο φορές» (Κρατύλος 402a). Για τον Πλάτωνα πρέπει ωστόσο να πούμε ότι δεν είχε και σε μεγάλη εκτίμηση τον Ηράκλειτο. Τον αντιμετώπιζε ως τον φιλόσοφο της διαρκούς ροής και γι᾽ αυτό ακριβώς του καταλόγιζε φιλοσοφική αφέλεια. Ο Πλάτων, από την πλευρά του, δεν είχε άδικο. Αν η φιλοσοφία του Ηράκλειτου περιοριζόταν στην πιστοποίηση της διαρκούς μεταβολής των φαινομένων, τότε θα ήταν όντως αφελής, αφού θα υποστήριζε το αυτονόητο. Θα ήταν μάλιστα και οπισθοδρομική, αφού η φιλοσοφία είχε ξεκινήσει 100 χρόνια νωρίτερα με την προσπάθεια να βρεθεί κάτι σταθερό πίσω από τη φυσική μεταβολή. Είναι λοιπόν μάλλον απίθανο η μεγάλη φήμη του Ηράκλειτου να στηρίζεται σε αυτονόητες και αφελείς διαπιστώσεις.
Καταρχήν ο Ηράκλειτος δεν ανήκει στους φυσιοκράτες φιλοσόφους. Η προσέγγισή του προϋποθέτει την προηγούμενη ιωνική παράδοση, έχει όμως και κάτι το εντελώς καινοτομικό. Πολλά αποσπάσματά του αναλύουν πλευρές της φυσικής πραγματικότητας, το ενδιαφέρον του όμως δεν είναι επικεντρωμένο στην περιγραφή της φύσης αλλά στο νόημά της. Εκείνο που κυρίως τον απασχολεί είναι η ανθρώπινη οπτική: πώς ο άνθρωπος κατανοεί την πραγματικότητα που τον περιβάλλει, πώς κατανοεί τη θέση του μέσα στον κόσμο, πώς κατανοεί τον ίδιο του τον εαυτό.
Η φύση, σε πρώτη προσέγγιση, εμφανίζεται ως πεδίο μάχης. Τα πάντα μεταβάλλονται συνεχώς και οι μορφές των πραγμάτων εναλλάσσονται. Η φωτιά, ο πόλεμος και η έρις είναι οι προσφιλείς ηρακλείτειες έννοιες που εκφράζουν την κοσμική αστάθεια και μεταλλαγή.
Αυτό τον κόσμο, που είναι ένας στην ολότητά του, δεν τον έπλασε κανένας θεός ή άνθρωπος· υπήρχε πάντοτε, υπάρχει και θα υπάρχει: μια αιώνια ζωντανή φωτιά που ανάβει με μέτρο και σβήνει με μέτρο.
Ηράκλειτος, απόσπ. 30
Ο πόλεμος είναι πατέρας των πάντων και βασιλιάς των πάντων· άλλους τους έκανε θεούς και άλλους ανθρώπους, άλλους δούλους και άλλους ελεύθερους.
Ηράκλειτος, απόσπ. 53
Πρέπει να καταλάβουμε ότι ο πόλεμος είναι κοινός, και η δικαιοσύνη είναι έρις· και ότι όλα τα πράγματα γίνονται με έριδα και αναγκαιότητα.
Ηράκλειτος, απόσπ. 80
Η εικόνα όμως της αστάθειας υπονομεύεται αμέσως. Το φυσικό σύμπαν ονομάζεται «κόσμος» – λέξη που προέρχεται από το ρήμα κοσμῶ και σηματοδοτεί την τάξη. Ο κόσμος ταυτίζεται με τη φωτιά, γιατί η φωτιά είναι ακριβώς το πιο ευμετάβλητο φυσικό στοιχείο. Θα μπορούσε κανείς να υποθέσει ότι ο Ηράκλειτος επιλέγει τη φωτιά, όπως ο Θαλής επέλεξε το νερό και ο Αναξιμένης τον αέρα. Τότε όμως η φωτιά θα ήταν το πρωταρχικό κοσμογονικό στοιχείο από το οποίο θα είχε δημιουργηθεί ο κόσμος, πράγμα που δεν ισχύει. Ο κόσμος του Ηράκλειτου υπήρχε πάντοτε, είναι αγέννητος και άφθαρτος – μια ιδέα που εμφανίζεται για πρώτη φορά στην ελληνική σκέψη. Η φωτιά επομένως δεν είναι το συστατικό του κόσμου, αλλά το νόημά του. Μέσα από την εικόνα της φωτιάς, όπως και από τις ανθρωποκεντρικές μεταφορές του πολέμου και της έριδας, φαίνεται η αντιθετική δομή της πραγματικότητας. Οι αντιθέσεις χαρακτηρίζουν τον κόσμο, δεν αναιρούν όμως την ενότητά του: η κοσμική φωτιά «ανάβει με μέτρο και σβήνει με μέτρο», η διαμάχη συμβαδίζει με την αναγκαιότητα.
Για να αντιληφθεί κάποιος την αληθινή δομή της πραγματικότητας θα πρέπει πρώτα να απαλλαγεί από τις προκαταλήψεις και τις βεβαιότητές του. Ο φιλόσοφος θα τον βοηθήσει κλονίζοντάς τον, οδηγώντας τον σε μια κατάσταση αβεβαιότητας και απορίας. Ο Ηράκλειτος επιδίδεται σε μια συστηματική απόρριψη των απλοϊκών αντιλήψεων. Όπου οι άνθρωποι βλέπουν αντίθεση, υπάρχει ενότητα. Όπου ενότητα, υπάρχει αντίθεση. Όπου τομή, συνέχεια. Όπου βλέπουν το καλό, υπάρχει σχετικότητα. Ο Ηράκλειτος μεταφέρει σκηνές από την καθημερινή ζωή των ανθρώπων. Τις φωτίζει όμως με τέτοιο τρόπο ώστε να αποκαλυφθεί και μια δεύτερη, αναπάντεχη πλευρά τους. Το θαλασσινό νερό είναι σωτήριο για τα ψάρια και ολέθριο για τον άνθρωπο που θα το πιει. Οι γάιδαροι προτιμούν τα σκουπίδια από το χρυσάφι. Οι γιατροί μάς ωφελούν προκαλώντας μας πόνο. Η αρχή και το τέλος σε έναν κύκλο ταυτίζονται, όπως και ο κατήφορος με τον ανήφορο. Η χόρταση προϋποθέτει την πείνα, η ανάπαυση την κούραση, η υγεία την αρρώστια, η μέρα τη νύχτα, ο πόλεμος την ειρήνη (απόσπ. 61, 13, 58, 103, 60, 111, 67).
