Ο καιρός περνούσε και ήρθε η μέρα που η Αλκμήνη θα γεννούσε. Κάλεσε ο Δίας τους άλλους θεούς γύρω του και καυχήθηκε πως το παιδί που θα έφερνε τη μέρα εκείνη στο φως η Ειλείθυια, η θεά της γέννας, θα εξουσίαζε όλους τους άλλους, γιατί ήταν από τη δική του γεννιά. Η Ήρα που είχε μάθει τα κατορθώματα του Δία είχε καταστρώσει κιόλας ένα σχέδιο για να τον εξαπατήσει, καμώθηκε πως δεν το πίστευε και τον παρακάλεσε να ορκιστεί ότι πράγματι αυτός που θα γεννιόταν πρώτος αυτή τη μέρα θα κυριαρχούσε σε όλους τους γείτονες.Μια μέρα μετά από τη γέννηση του Ηρακλή γεννήθηκε και ο αδελφός του Ιφικλής.
Αφού γεννησε η Αλκμήνη, φοβήθηκε την ζήλια της Ήρας και αποφάσισε να μην κρατήσει το παιδί. Πήγε και άφησε το βρέφος σε ένα άλσος που ονομαζόταν “πεδίον Ηράκλειον”. Σε λίγο πέρασε από εκεί η Ήρα και η Αθηνά, είδαν το βρέφος και θαύμασαν τη μορφή του. Η Αθηνά έπεισε την Ήρα να το βυζάξει. Καθώς όμως η Ήρα του έδωσε το στήθος το μωρό το δάγκωσε δυνατά και η Ήρα το πέταξε κάτω. Η Αθηνά τότε το σήκωσε και το πήγε στην μητέρα του.
Μια άλλη παραλλαγή του μύθου λέει ότι ο Ερμής πήγε κρυφά τον Ηρακλή στην Ήρα, όταν αυτή κοιμόταν, και τον έβαλε στο στήθος της για να το θηλάσει. Το παιδί όμως δάγκωσε το στήθος και η Ήρα από τον πόνο πετάχτηκε από τον ύπνο της, πέταξε το παιδί κάτω και από τα γάλα που χύθηκε από το στήθος της σχηματίστηκε ο γαλαξίας.
Η Ήρα δεν ξέχασε ποτέ το θυμό της και ήθελε να ξεκάνει τον Ηρακλή. Ένα βράδυ που τα δυο αδέλφια κοιμόντουσαν ήσυχα στη κούνια, που ήταν μια ασπίδα, έστειλε δυο μεγάλα φίδια για να κατασπαράξουν τα βρέθη. Μα ξαφνικά, με τη θάληση του Δία, ένα φως έλουσε το δωμάτιο και τα παιδιά ξύπνησαν. Ο Ιφικλής μόλις είδε τα φίδια άρχισε να κλαίει ενώ ο Ηρακλής δε φοβήθηκε καθόλου, έπιασε τα φίδια από το λαιμό τους και τα έπνιξε. Άκουσε η Αλκμήνη τα κλάματα του Ιφικλή και έτρεξε αναστατωμένη στο δωμάτιο των παιδιών. Μόλις είδε τα πνιγμένα φίδια, τα οποία ακόμη κρατούσε ο Ηρακλής έβαλε μια δυνατή φωνή που έκανε και τον Αμφιτρύωνα να πεταχτεί από τον ύπνο του. Βλέποντας τον Ηρακλή να κρατά γελαστός τα φίδια βεβαιωθηκε ότι αυτό ήταν παιδί του Δία.
Την ίδια νύχτα ήρθε και ο Αμφιτρύωνας από τον πόλεμο, αλλά η Αλκμήνη δεν τον υποδέχτηκε όπως περίμενε ο Αμφιτρύωνας. Την ρώτησε να μάθει για πιο λόγο δεν ήταν καλή μαζί του. Η Αλκμήνη παραξενεύτηκε, και με την σειρά του τον ρώτησε γιατί παραπονιόταν αφού πριν από λίγο είχαν πλαγιάσει μαζί και μάλιστα του έδειξε και το χρυσό κύπελλο.
Προπάππος του Ηρακλή ήταν ο Περσέας, γιος του Δία και της Δανάης, ο ήρωας που σκότωσε την Μέδουσα και έσωσε την Ανδρομέδα από το θαλάσσιο τέρας. Βασίλεψε στην Τίρυνθα και τις Μυκήνες και απέκτησα από την Ανδρομέδα πέντε γιους: τον Αλκαίο, τον Σθένελο, τον Έλειο, τον Μήστορα και τον Ηλεκτρύωνα, και μία κόρη, τη Γοργοφόνη. Από τους πέντε γιους του Περσέα μόνο οι δύο έχουν σχέσει με την ιστορία του Ηρακλή: ο Αλκαίος και ο Ηλεκτρύωνας.


