Το λογισμικό του Τρισδιάστατου Μοντελοποιητή αποτελείται από δύο διακριτά περιβάλλοντα: το περιβάλλον της Χημείας και το περιβάλλον των μαθηματικών. Στο περιβάλλον των Μαθηματικών οι μαθητές έρχονται σε επαφή με τις έννοιες και τις ιδιότητες του γεωμετρικού χώρου και των στερεών γεωμετρικών σχημάτων. Χρησιμοποιούν τα έτοιμα στερεά σχήματα με τα οποία διαπραγματεύονται τις ιδιότητες τους, τα τοποθετούν στο χώρο χρησιμοποιώντας το σύστημα καρτεσιανών συντεταγμένων, χρησιμοποιούν τη χελώνα της logo προκειμένου να σχηματίσουν συγκεκριμένα γεωμετρικά στερεά και να υλοποιήσουν συγκεκριμένες δραστηριότητες. Στο περιβάλλον της Χημείας, ο μαθητής κατασκευάζει τα μοντέλα των ιόντων και των μορίων, που παίρνουν μέρος σε χημικές αντιδράσεις. Μπορεί να μοντελοποιήσει τη Χημική αντίδραση, να μελετήσει τις αλλαγές στους δεσμούς μεταξύ των ατόμων και των όντως τόσο στα αντιδρώντα όσο και στα προϊόντα, ενώ τέλος αποκτά και μία εποπτεία της δομής των μορίων στον τρισδιάστατο χώρο.
Το λογισμικό αυτό διατίθεται στο Φωτόδεντρο-Αποθετήριο εκπαιδευτικού λογισμικού.
