Το μονοθέσιο Ειδικό Νηπιαγωγείο Αγίου Αθανασίου ιδρύθηκε το 2018  και λειτούργησε για πρώτη φορά το σχολικό έτος 2020-2021. Συστεγάζεται με το Ειδικό Δημοτικό Αγίου Αθανασίου και το ΕΕΕΕΚ Αγίου Αθανασίου. Κατά το τρέχον σχολικό έτος είναι εγγεγραμμένοι δέκα (10) μαθητές και υπηρετούν σε αυτό δυο Νηπιαγωγοί Ειδικής Αγωγής, δύο Ειδικά Βοηθητικά Προσωπικά, μια Σχολική Νοσηλεύτρια, μια Εργοθεραπέυτρια και μια Λογοθεραπεύτρια.