Το πιο χαμηλό επίπεδο του Λειτουργικού συστήματος είναι το πρόγραμμα που χειρίζεται τη φυσική μηχανή. Το πρόγραμμα αυτό λέγεται Πυρήνας.Όταν ο υπολογιστής ξεκινάει, ο πυρήνας φορτώνεται πρώτος στη Κύρια μνήμη και παραμένει εκεί όσο λειτουργεί ο υπολογιστής.

Ο πυρήνας είναι αυτός που χειρίζεται το υλικό του υπολογιστή.Πως όμως καταφέρνει το Λ.Σ να χειρίζεται το υλικό-μηχανή.Το υλικό δηλώνει τι ακριβώς κάνει χρησιμοποιώντας κάποια ηλεκτρικά σήματα που ονομάζονται διακοπές. Όποτε αρχίζει ή τελειώνει κάποια εργασία της μηχανής το υλικό δημιουργεί και στέλνει κάποια διακοπή.

Από τη μεριά του λειτουργικού ο πυρήνας είναι ένα πρόγραμμα που λειτουργεί συνέχεια και αναγνωρίζει αυτές τις διακοπές.Για κάθε διακοπή που αναγνωρίζεται, ο πυρήνας εκτελεί και την ρουτίνα χειρισμού ή αντιμετώπιση διακοπής.Έτσι  καταφέρνουμε να έχουμε ένα πρόγραμμα που αντιλαμβάνεται και αντιδρά στα σήματα της μηχανής.