Όταν οι Τούρκοι μπήκαν στην Πόλη ξεκίνησαν να καταστρέφουν τις εκκλησίες και τα μοναστήρια.
Στην Αγία Σοφία είχε καταφύγει πολύς λαός, κυρίως γυναικόπαιδα, για να αποφύγουν τον θάνατο. Όμως η παρουσία τους εκεί δεν τους έσωσε, καθώς φανατισμένοι από τους δερβίσηδες μωαμεθανοί μπήκαν στην εκκλησία και άρχισαν να σφάζουν αδιακρίτως όποιον έβρισκαν κοντά τους. Ο σωρός των πτωμάτων έφτασε τα δέκα μέτρα. Όταν μάλιστα ο Σουλτάνος Μωάμεθ προσπάθησε να μπει στο ναό το άλογο του σκόνταψε πάνω στα πτώματα. Με την οπλή του το άλογο άφησε ένα σημάδι στην κορυφή του στύλου, το οποίο σώζεται μέχρι σήμερα.
Τις πιο πολλές εικόνες και τοιχογραφίες της Αγίας Σοφίας τις κατέστρεψαν οι Τούρκοι. Όταν όμως οι άπιστοι εισβολείς έφτασαν στον εξώστη-γυναικωνίτη και ένας τσαούσης (Τούρκος αξιωματικός) προσπάθησε με έναν πέλεκυ να καταστρέψει μια τοιχογραφία της Παναγίας που κρατά στα χέρια της τον Ιησού μωρό, έγινε θαύμα! Τη στιγμή που ο Τούρκος προσπάθησε να καταφέρει το πρώτο χτύπημα στην τοιχογραφία κεραυνοβολήθηκε κι έπεσε νεκρός. Τη θέση του πήρε ένας άλλος Τούρκος, αλλά την ίδια στιγμή κι εκείνος είχε την ίδια τύχη. Οι υπόλοιποι βάρβαροι πανικοβλήθηκαν από το πρωτόγνωρο γι’ αυτούς θαύμα και γεμάτοι τρόμο αλλά και σεβασμό εγκατέλειψαν την ανόσια προσπάθειά τους.
Η συγκεκριμένη τοιχογραφία σώζεται μέχρι σήμερα στον δεξιό εξώστη της Αγίας Σοφίας.
