Τα τρία κυρίως θραύσματα του Μηχανισμού των Αντικυθήρων εκτίθενται στη Συλλογή Χαλκών του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου. Ο Μηχανισμός φυλάσσεται στη χαλκοθήκη του Μουσείου από την ανακάλυψή του, το 1901.
Άλλα σπουδαία ευρήματα από το ναυάγιο των Αντικυθήρων βρίσκονται σε αίθουσες και στο αίθριο του Μουσείου.