Στο 1ο Γυμνάσιο Νάξου για το σχολικό έτος 2018-19, το τμήμα ένταξης λειτούργησε από το Σεπτέμβριο έως τη λήξη του διδακτικού έτους, ως δομή υποστήριξης με στόχο την ένταξη και την ενσωμάτωση των μαθητών στο σχολικό περιβάλλον.
Σε αυτό φοίτησαν 18 μαθητές:
4 στην Α΄ Γυμνασίου, 6 στη Β΄ Γυμνασίου και 8 στη Γ΄ Γυμνασίου.
Οι μαθητές διδάχθηκαν μαθηματικά, φυσική και φιλολογικά μαθήματα (αρχαία ελληνική γλώσσα, νέα ελληνική γλώσσα, κείμενα νεοελληνικής λογοτεχνίας, ιστορία) από εκπαιδευτικούς Ειδικής Αγωγής.
Η λειτουργία του τμήματος ένταξης κρίνεται ικανοποιητική ως προς το εκπαιδευτικό αποτέλεσμα, εφόσον οι εκπαιδευτικοί στόχοι έχουν επιτευχθεί σε μεγάλο βαθμό.