…για το Μάθημα των Θρησκευτικών

Το 1778 μ.Χ. η Μονή σταματάει να υφίσταται, καθώς ο βάναυσος Οθωμανός διοικητής της Αθήνας του 18ο αιώνος, Χατζή Αλή ή Χασεκής δίνει εντολή να κατεδαφιστεί πλήρως το σύνολο των κτιριακών εγκαταστάσεων της Μονής, πλην του καθολικού της. Ο λόγος της κατεδαφίσεως ήταν η χρησιμοποίηση των υλικών για την κατασκευή τείχους προστασίας της Αθήνας. Ο ναός εν συνεχεία γίνεται μετόχι της Μονής Καισαριανής.

Το 1827 μ.Χ. ο ναός πλήττεται εκ νέου κατά την διάρκεια της ελληνικής επαναστάσεως, δεχόμενος κανονιοβολισμούς από την έγκλειστη τουρκική δύναμη της Ακροπόλεως. Σχεδόν ολόκληρη η βορειοανατολική πλευρά, καθώς και μεγάλο τμήμα του τρούλου κατέρρευσαν τότε. Παρά ταύτα, το υπόλοιπο κτίριο με το μεσαιωνικό του τέμπλο διατηρήθηκε σε καλή κατάσταση.

Το 1847 μ.Χ. ο Ρώσος πρεσβευτής της Αθήνας ζήτησε από την ελληνική κυβέρνηση την παραχώρηση του ιερού ναού, προκειμένου να καλύψει τις λατρευτικές ανάγκες της ρωσικής παροικίας στη χώρα μας. Η αρχική σκέψη ήταν η πλήρης κατεδάφιση του ναού του Λυκοδήμου και η ανέγερση ενός νέου στη θέση του. Ευτυχώς, επικράτησε τελικά άποψη της αναστηλώσεως του και οι εργασίες άρχισαν άμεσα μέσα στο 1850.

Το 1855 μ.Χ. μετά από πολλές παύσεις, ολοκληρώνεται το έργο υπό την επίβλεψη των` αρχιτέκτονων  Ιβάν Στρομ (Ρωσία), Τ. Βλασσοπούλου (Ελλάδα) και Φρ. Μπουλανζέ (Γαλλία). Κατά τις σωστικές εργασίες κρίθηκε απαραίτητο  το κλείσιμο, εν ολω ή εν μέρει, όλων των εξωτερικών ανοιγμάτων και το κτίσιμο τοίχων στις τρεις πλευρές του κεντρικού τετραγώνου του ναού με σκοπό την υποστήριξη των μεγάλων τόξων, τα όποια έφεραν τον τρούλο. Αποτέλεσμα ήταν η συσκότιση του ναού, και η διάσπαση της ενότητάς του εσωτερικά. Κατά τα λοιπά, ο ναός στο σύνολό του αποκαταστάθηκε στην αρχική του μορφή με μεγάλη επιτυχία. Δυστυχώς όμως κατά τις εργασίες, αντικαταστάθηκε το παλαιό λίθινο τέμπλο από ένα καινούργιο μεγαλύτερου ύψους. Τότε ήταν που ανεγέρθη και το σημερινό καμπαναριό βυζαντινής μορφής.. Η Μόσχα επωμίστηκε ολόκληρο το κόστος των εργασιών, το οποίο ανήλθε τελικά σε 14.995 δραχμές. Εκτότε οι Αθηναίοι συνηθίζουν να αποκαλούν το ναό «Ρωσική Εκκλησία».

Κατά την διάρκεια των έργων, εντοπίστηκε αρχαία δεξαμενή υδραγωγείου, πέντε μέτρα κάτω από το δάπεδο του ναού.

Από το 1917 μ.Χ. και εντεύθεν ο ναός αποτελεί παρεκκλήσιο της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών, αν και ο ναός εξακολουθεί να εξυπηρετεί τις λειτουργικές ανάγκες του Ρωσικού ποιμνίου της Αθήνας.

Το 1950 μ.Χ. κατά την διενέργεια εργασιών αποχετευτικού δικτύου στην ευρύτερη περιοχή, αποκαλύφθηκε πλησίον του ναού ένα ψηφιδωτό δάπεδο και δίπλα σε αυτό το νεκροταφείο του βυζαντινού Μοναστηριού.

Τέλος αξίζει να αναφερθεί ή ύπαρξη υπογείων στοών, που έχουν ως είσοδό ένα κλεισμένο με κιγκλιδώματα φρέαρ στο πλάι της εκκλησίας.

Το κωδωνοστάσιο ανεγέρθη το 1845 μ.Χ. από τον Τσάρο Αλέξανδρο τον Β΄ της Ρωσίας κατά τα πρότυπα των βυζαντινών καμπαναριών. Για την καλύτερη ενοποίησή καμπαναριού με το ναό προστέθηκε γύρω από αυτό κουφική ζωφόρος αντίστοιχης της εκκλησίας.

Στο εξωτερικό του ναού, δυστυχώς, ο επισκέπτης σήμερα με δυσκολία  διακρίνει τα ανακατασκευασμένα από τα αυθεντικά μέρη του. Είναι βέβαιο ότι κατά την αποκατάσταση του, όλα τα ετοιμόρροπα τμήματα απομακρύνθηκαν, συμπεριλαμβανομένου και του τρούλου. Ξανακτίσθηκαν πάνω στα λείψανα των αρχικών τοίχων, ενώ οδηγός της τοιχοδομίας υπήρξε ο καλά διατηρηθείς μέχρι την επανάσταση ανατολικός τοίχος.
Εσωτερικά στο νότιο τοίχο παρατηρούμε κάποιες αυθεντικές τοιχογραφίες του Χριστού, του Αγίου Στεφάνου και του Αποστόλου Ιωάννου.